Qiime2 （チャイム2）は、次世代シークエンサーによって得られた16S rRNA可変部位領域等の大量配列情報をもとにして微生物叢のプロファイリング解析を行う際に便利なパッケージングツールです。これまでによく使われていたQiimeのサポートが終わって、Qiime2へ以降したので、その際のメモを置いておきます。

詳細は、Qiime2のサイトのチュートリアルを参照してください。

https://qiime2.org/

Pythonがインストールされているマシンを用意します。
MacOSのターミナルには、デフォルトでPython 2.7がインストールされています。

＊ 最新のバージョンを使う場合には、Python 3をインストールしてください。

ターミナル上で、

$ python -V

とタイプしてpythonがインストールされていることとバージョンを確認します。

Python 2.7.14

次に、以下のサイトから、ターミナルのpythonのバージョンと一致するMinicondaをダウンロードして、インストーラーを起動すればインストールが始まります。

https://conda.io/miniconda.html

ターミナル上で、以下のコマンドをタイプしてインストール。

$bash Miniconda2-latest-MacOSX-x86_64.sh

condaのアップデート確認します。

$ conda update conda

これで、MinicondaのインストールはOK。

Minicondaを使って、numpy、wgetなどがインストールできることを確認します。

wgetを使って、qiime2をダウンロード＆ダウンロードします。
＊最新のバージョンをインストールしてください。

$ wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.2-py35-osx-conda.yml

$ conda env create -n qiime2-2018.2 --file qiime2-2018.2-py35-osx-conda.yml

ネット接続環境が悪いと、たまに以下のメッセージが出てダウンロードの途中で止まることがあります。

再度やり直すと途中からダウンロードが再開します。

$ conda env create -n qiime2-2018.2 --file qiime2-2018.2-py35-osx-conda.yml

＃ オプション：消去する場合には、以下の通り。

＄ rm qiime2-2018.2-py35-osx-conda.yml