学校

国立西東京総合学園
かつての次元災害の混乱により経営が困難となった、都内の学校を統合する形で設立された巨大校。統合とはいうものの、実質的には複数の学校が同じ敷地にあるようなもので各校は制服や校則、校風などをそのままの状態で保っている。ただし、部活動などは部の主将や顧問の了解があれば別の学校の部活に所属できる。
主人公たちの通う学校でもある。

駒王学園
オカルト研究部（後”D×D”）
駒王学園のオカルト部生徒からなる悪魔、堕天使による事件ならびにテロに対応するチーム。もともとは、駒王町を活動範囲とする冥界の悪魔グレモリー家長女リアス・グレモリーが自身の兄が理事長を務める駒王学園の部活動「オカルト研究部」およびレーティングゲームのメンバーとして集まった転生悪魔からなるチーム。
作中では
こうした中、冥界の悪魔と人間は共存の必要性に迫られ、はぐれ悪魔や堕天使などが起こした超常現象を伴う事件の解決に協力することになっている。各領地ごとにその領地を管轄する悪魔が担っており駒王町の担当はリアスだった。
混沌旅団（カオスブリゲード）などの組織が他世界や人間社会のテロ組織、犯罪勢力と共闘しその手口が巧妙化したことから従来の正面戦闘を主とする対策が通じなくなったため、本格的な対テロ部隊としてのノウハウを得る必要性から、NPSとの合同訓練を行っている

東京武装探偵高校
銃器などの武装が認められた探偵、通称〈武偵〉が存在する世界の学校。
レインボーブリッジ沿いに、学校が建つ埋め立て地ごと転移しており元の世界に戻るためのゲートにつながる橋がある。
生徒たちは警察学校よりも厳しい訓練に励んでおり、その実力は警察関係者からして銃器対策部隊顔負けといわれている。
他世界との連結により治安が急速に悪化した東京において両世界の日本政府による政府間協定により、首都圏においてのみ警察権の行使ならびに、武偵法に基ずく権限が与えられている（間違いなく主権に抵触しかねないので、野党からの攻撃材料になっている）。
実際に警察と協力し警備や捜査に加わることになっているが、実動員のほとんどが未成年なので現場の機動隊員や捜査関係者との軋轢も生んでいる。このため、劇中でNPSとの共同訓練及び捜査が実施されるまで、具体的な協力が行われていなかった。
本編開始時から銀座事件やガストレアの侵攻など大事件が起きていることから出動回数が増えている。ガストレアが大量侵攻した第一次東京開戦(東京エリア呼称〈第三次関東開戦〉)では学科を問わず開校史上最大の死傷者を出した。
様々な世界と融合した多次元都市〈東京〉は、多くのトラブルが発生するため依頼には事欠かない。武装探偵高校は単位制で自主的に受けた依頼を解決することも成績にカウントされることから生徒たちは積極的に依頼を受けている。
生徒たちは依頼を遂行する上で5人以上10人以下の班を編成することになっている。
市街戦訓練に必要な設備が揃っているため、警察や自衛隊、さらに異世界の軍隊などが利用している。生徒たちが対抗部隊を引き受ける場合もある。
原作「緋弾のアリア」および「緋弾のアリアAA」とはカリキュラムやキャラクターの武装などに変更が加えられている。
キャラクターの武装はアサルト、スナイプなどは原作で所持していたメインアームの他、サイドアームも所持している。

企業

イングランドCCTA
HCLI同様に異世界各国に対して兵器の販売を行っている。
リーダーは元イギリス空軍軍人のカリー
取り扱い商品は自動小銃から携帯式地対空ミサイルなどの各種小型武器。
最近では、『帝国（ライヒ）軍』にたいし東ヨーロッパ製のAKクローン1,000丁と定数分の銃弾を納入した。

司馬重工
東京エリアに本社を置く軍事企業で戦車、戦闘機と言った正面装備から小火器、刀剣まで幅広く兵器・武器の製造を手がけている。
火器の製造や開発に際しては各国のガンスミスや技師を招いて行っている。こうした技師やガンスミスの多くは東南アジアや主に米国のメーカーに勤めていた人々で、ガストレア戦争に際し祖国やメーカーが消滅したため路頭に迷った所をいち早く司馬重工が見つけ他の企業に先駆けてスカウトした。
また、中には小さいメーカーを丸ごと吸収する場合もあった。
東京エリアほか、地球の自衛隊や各世界の軍隊に兵器を製造し納入している。
自衛隊の装備を改修する事業も請負っている。
東京エリアのみではなく、整備工場などが主人公（光之）達の世界にも存在する。
ハイテク技術を駆使した兵器開発を行っており、レール・ガンなど其の技術水準はこちらの地球の技術水準を上回っており、東京エリアのみではなくこちら側の自衛隊も司馬重工製兵器を正式採用、配備している。

（開発されている兵器）
自立型特攻兵器
小型偵察ドローン（手のひらサイズ）
ＵＧＶ（小型無人戦車、この他にも兵站支援型など）
Ｌ81対応型誘導迫撃砲弾および照準装置
耐爆仕様装甲兵員輸送車
リモート・ウェポン・ステーション
各種特種弾薬（ガストレアに有効なバラニウム弾、『終わりのセラフ』の吸血鬼に有効な紫外線洩光弾など）

HCLI
民間企業。海運の大手だがその一方で各国に兵器の売買を行う『死の商人』としての顔を持つ。
大災厄以降、ワームホールと転移現象によりつながった異世界を新たな市場とみなしており兵器の輸出を行っている。
顧客は各国の正規軍からテロリスト、マフィアなどの犯罪組織まで幅広い。
本来、アジア・極東はへクマティアル家長男、キャスパー・へクマティアルの担当だが、つながった異世界の場所が地球のヨーロッパに相当する地域である場合から、妹のココ・へクマティアルも来日し活動している。
武装探偵や民警の武器使用・携行を認めた法律がこうした企業のPMSCオペレーターにも適応されており、私兵が公然と武器を携行している。
アスティマータ軍などに対空ミサイルや戦車と言った正面装備を提供している。

HCLI ココ・ヘクマティアルのチーム
HCLI社の武器輸送販売部門で元々アフリカ・ヨーロッパを中心に活動していたが東京で数年前に起きた大厄災の後、並行世界という新しい市場に眼を付け日本に活動拠点を移した。
　主な顧客は《帝国（ライヒ）》や帝鬼軍、幕府（《銀魂》世界）だが、国家に属さない団体や個人の場合もある。
　特区東京では治安の悪化や未知の脅威の出現に対処するため手続きにより民間の法人でも武器の所持・使用が認められており、ココの私兵であるヨナたちが銃器を半ば公然と携帯・使用できる。

行政

江戸幕府
大日本帝国政府
東京エリア執政府

軍隊

（あいうえお順）
アティスマータ新王国軍(ARF)
アティスマータ新王国の軍隊。中央政府の直轄軍と四大貴族の私設軍隊からなる連合軍。
民間警備会社や米軍、自衛隊の協力のもと軍の組織と装備の近代化が進んでいる。訓練の頻度で言えば自衛隊やPMCが多い。
四大貴族のなかには不穏な動きをする者もおり、彼らも非公式ではあるが仮想敵とみなされている。
将校を育成するため、地球・日本の防衛大学校やアメリカのウェストポイントなどに留学生を派遣している。
王立士官学校

衆民軍(Civil Forces)
アスティマータ新王国軍の数的主力。
その名の通り構成員のほとんどが庶民層出身者で構成されている。
兵士達が着用しているのは米軍が退役させたBDU(ウッドラント迷彩)を着用している。
武装
(携行火器〈詳細は『登場させる火器』にて〉)
M16A2,3
M4A1
M60E4
AT-4
SMAW
スティンガー
M2
M92F
米軍や自衛隊との共同訓練を頻繁に繰り返している。

自衛隊

中央即応戦闘団
多次元都市の成立後陸上自衛隊に編成された部隊で、その名の通り都内で発生したテロや災害などの事案に対し迅速な展開と対処を任務としている。
常設の部隊でありながら『戦闘団』の編成をとっており、単体であらゆる規模の敵と戦える。
全員が最新の個人装備を与えられており、小銃にはダットサイト(サイトロ・ジャパンMD33他EO-tec)。ヘルメットは軽量化と衝撃吸収性を念頭に置いたバリスティック・ヘルメットを採用している。
必要な場合は異世界にも出動する。

特地派遣隊
相手の脅威に合わせ、いざという時に撤退する際、放棄してもいいように旧式の兵器を持ち込んでいる。

大日本帝国陸・海軍

　現代の魔術師「抜刀者(ブレイザー)」の力を使い太平洋戦争(大東亜戦争)に勝利した日本の軍隊。
　上部組織である海軍省・陸軍省は統合され≪国軍省≫になっている。
　かつて戦争を勝利に導いた抜刀者(ブレイザー)、黒鉄龍馬が陸軍所属だったこともあり組織内の発言力は陸軍が強い。
　抜刀者(ブレイザー)は海軍の特別陸戦隊を除きほとんどが陸軍の抜刀隊に所属している。
 戦後、アメリカと講和したのちにアジア一帯で起きた代理戦争に参加し何度も勝利している。
　こうした戦訓から開発した独自の武装を持っている。
　陸軍の戦闘服は陸上自衛隊のそれによく似ているが、カラーはカーキ色のみ(迷彩服を着用しない軍隊は現実にオーストリア連邦軍が存在する)、襟は詰襟になっている。

チュファルク合同共和国軍

オペラ座

正式名称:チュファルテク合同共和国軍法務局公衆衛生課独立行動大隊
共和国軍内部の防蝶組織だが治安部隊の側面も持ち王国との戦争を再発させかねない排外主義者’”(極右)や親王国の反政府左派勢力に対する容赦のない弾圧を行う。
一方でその捜査手法はかなり高い精度を誇り、検挙率も高いため、他の世界の軍や公安機関に出向しオブザーバーを務めることもある。

日本帝鬼軍
渋谷から新宿までの転移地域を掌握する、未知のウイルスにより滅亡した並行世界の日本における軍事独裁政権、またはその中核を担う軍隊。
対魔導小隊に次ぐ超常現象のスペシャリスト集団とみられている。
元々が呪術者の一族”柊家”を中心とする宗教団体《帝の鬼》が中心となった存在であり、こちらの世界でも宗教法人として活動している。
サリンをばら撒いたどこぞのカルト教団と違い、本物の呪術が使えるのでかなりの規模の信者を獲得している模様。公官庁内部にも信者がいるらしく油断ならない。

ライヒス・ヘーア
《帝国(ライヒ)》の軍隊。
軍制はかつての帝政ドイツ軍に近い。
作中では単に「《帝国》軍」とも呼ばれる。
高度に組織化された軍隊で技術力で日本の自衛隊には劣るが指揮官の能力はどの世界の軍隊を上回ると言われている。
特に参謀本部の能力は極めて高い。
陸海空軍の三軍編成。
陸軍
三軍の中でも最も規模が大きい。

警察

警察庁
　警察庁およびその傘下にある各自治体警察。個々では主に警視庁。
　様々な事件や凶悪犯罪に手を焼いている。
NPS

警視庁
SAT
警視庁警備部に実在する特殊部隊
本作では中丸文雄ひきいる警視庁の最精鋭であり、自衛隊に引けを取らない機動力と戦闘力を誇る。
未知の脅威との戦いに備え、帝鬼軍や民警などの異世界の対策機関との共同訓練を繰り返し、柔軟な対応力を実につけている。

大江戸警察
　ペリー提督率いる米海軍ではなく、宇宙人が来襲したことで、科学技術のみが２１世紀なみに発達してしまった日本の首都、江戸を守る警察機構の総称。
江戸時代の身分制度がいまだ健在で人員の多くが世襲制の特権階級出身者。江戸時代にあった奉行所などがそのまま存続しており、共同捜査などでは文化や価値観の違いから齟齬が生じている。
ついこの前まで刀槍が戦争の主力だったためかメインアームが銃（装備していないわけではないがめったに使われない）ではなく日本刀。
　総司令官は警察長官 松平片栗粉

真選組
対テロ部隊。大江戸警察内部でも珍しく人員のほとんどが武士階級ではなく庶民層から構成される部隊。
近接戦闘では精鋭と称されるだけあって警視庁の機動隊を上回っており銀座事件では応援に駆け付け多くの戦果を挙げた。
特地派遣前には派遣部隊の訓練においてアグレッサーを務めている。