日本には、日米合同委員会と呼ばれる日米政府間の秘密会議が存在する。
この委員会は、日米地位協定(1960年1月19日締結)の第25条の

「この協定の実施に関して相互間の協議を必要とするすべての事項に関する日本国政府と合衆国政府との間の協議機関として、合同委員会を設置する。」に基づき設置されており、

出席者については、Wikipediaの情報によると、
アメリカ側は在日米軍の最高幹部と駐日大使館の公使、日本側は、外務省北米局長、法務省大臣官房長、農林水産省経営局長、防衛省地方協力局長、外務省北米参事官、財務省大臣官房審議官等が出席し、会議を構成している。

なお、この構成は地位協定の中で具体的に明文化されたものではない。

この日米合同委員会は、毎月2回も開催されており、会議の内容は未公表である。

私は個人的には、この「日米合同委員会」は日本政府よりも上にある存在であると認識している。
その理由を説明しよう。
1959年に行われた砂川裁判という裁判の中で、最高裁は、
「日米安保条約のような高度な政治性を持つ問題については、最高裁は憲法判断をしない」という判決を下した。
「～のような」という語句が使用されているのがこの判決の重要な点なのだが、とにかく、
この最高裁判決により、「日本国憲法よりも日米安全保障条約が上」という事が法的に認められたのだ。

日米安全保障条約の第6条には、「日本国における合衆国軍隊の地位は、1952年2月26日に東京で 署名された日本国とアメリカ合衆国との間の安全保障条約第三条に基く行政協定（改正を含む。）に代わる別個の 協定及び合意される他の取極により規律される。」との記述があり、
日米地位協定は、この条文に基づいて作成された協定である。

この事は必然的に、日米安全保障条約に基づいて作成された日米地位協定も、日本国憲法よりも上にある存在だと言うことを意味しているのではないか。

日本国憲法の第98条にすら、「日本国が締結した条約及び確立された国際法規は、これを誠実に遵守することを必要とする。」という条文があるが、

日本政府や、日本の国会は、日本国憲法の条文に基づき設置されている国家機関であり、日米合同委員会は日米地位協定に基づき設置されている機構であるため、
日米合同委員会が下す決定は、国権の最高機関である国会(憲法第41条が根拠)よりも、日本政府の決定よりも、重要な意味を持つ決定だということは明白である。

実際、2009年9月から2010年6月まで内閣総理大臣を務めた鳩山由紀夫氏は、2015年の5月3日に東京MXテレビで放送された西部邁ゼミナールという番組の中で、次のように証言している。

「そこ(日米合同委員会)で決まっていることがですね。何であるかっていうのは一切秘密で、総理の私にも全く報告がない訳ですよ。ですからその会合をやったってこと自体も伝わってきてないわけです。でも現実にはそういうものがあると。」

この証言は、
現職の総理大臣ですら、日米合同委員会に対して憲法第13条で認められている「知る権利」を行使する事が不可能であるという事を示している。