ゼロスが救いの塔でロイドと離反し死別するのは、クラトスルートのみであり、それ以外のキャラのルートではゼロスは生存・残留する。

ということから、
クラトスルートというのはクラトスが本当の父親だと知ったロイドが、「もう一度父さんと旅がしたい」と願ったifの世界線であると私は考えている。
分史世界でしか叶わない夢、と思うとなんだかそれはそれで切ない。

ifの世界線でゼロスが死ぬのは、（システム的なモノだけでなく）ロイドがゼロスを信じきれなかった現れ、そしてゼロスに自分を信じさせる事ができなかった現れと捉えると、クラトスルートというのはロイドの深層心理の中で父さんともう一度旅をする喜びの代償にゼロスを失い仲間殺しを背負うという事である。また、このルートかロイドの深層心理の反映であるとするならば、ロイドは無意識に「父さんにもう一度旅の仲間として来てもらう尤もな理由」として、ゼロスが離反しいなくなる事でPTの穴を理由にしようとしていると考えるならば、ロイドは既にかなりの葛藤と罪悪感を抱いている事になる。
この考察はともかく、ロイドが仲間殺しなんてしたくないのは明白なので、フラノールでのロイドのゼロスへの「信じてるぜ」は、実はかなりロイドにとって重い確認だったということになる。

ラタトスクの騎士において、エミルに「信じていいんだな」と確認を取り、その後「仲間殺しを背負わせる事になるんだぞ！」とエミルを叱る背景には、ミトスの事はもちろん、ゼロスの事も含んでいるのだろう。

ちなみに救いの塔でゼロス生存の場合、ゼロスが皆を助けアイオニトスを入手するが、ユグドラシルのいる間の鍵（扉）に剣を突き立て細工したのは全てのルートにおいてクラトスであると考えられる。
ユグドラシルのセリフから、クルシス幹部にしか開けられないという事が分かるからだ。
そしてヘイムダール村長の「クラトスは常に9人目の仲間であった」という言葉やコレットを治す為に奔走したりロイドをけしかける様子からも、こっそり父さんがやったに違いないと私は思っている