図01．京都鉄道博物館　『新幹線変形ロボ シンカリオン360°ザ・ムービー』でのシンカリオンの玩具。
向かって左から、N700Aのぞみ、ブラックシンカリオン　オーガ、E5はやぶさMkII、ALFA-X、923ドクターイエロー、および、ブラックシンカリオン　紅。
2019年12月29日　撮影。

本作のテーマは、「好きなものを好きなままでいていいんだよ」である。実際、ハヤトによるこの発言が少年ホクトの心だけでなく『新幹線変形ロボ シンカリオン THE ANIMATION』（以下同作）の世界も救ったわけで。
本作の舞台は、北海道新幹線の建設工事現場（正式な場所は不明）、青函トンネル、鉄道博物館、ニヤマ高原スキー場、北海道旅客鉄道（JR北海道）　仁山駅と新函館北斗駅、函館市青函連絡船記念館摩周丸、東日本旅客鉄道（JR東日本）　小田原駅、明治時代の横浜市、ならびに、1963年と1987年の東京都23区である。当然、北海道新幹線沿線が主な舞台である。
JR SKISKIのCMについて言及している。
かつて、キトラルザスの祖先は地球で、光の力（光の粒子）と影の力（ルクスヴェルテ）を用いていた。なお、前者は制御しにくいが、後者は制御しやすい。
光の粒子はユキノゴジラに変化できる（要はゴジラ（『ゴジラ』シリーズ）に擬態）だけでなく、時空への扉にもなる。実際、それにより、ハヤトは『エヴァンゲリオン』の世界に行き、少年ホクトは2019年の世界に行き、シンカリオン　ALFA-Xは上記の建設工事現場で見つかり、タツミ達は明治時代の横浜に跳ばされ、そして、アキタ達は1963年の東京タワー周辺に飛ばされた。ということは、大人ホクトは1987年の世界に行ったのか？
しかし、巨大隕石の衝突（これにより恐竜が滅んだ）を契機として、光の力を操る者は宇宙に逃れ（後のヴァルハラン）、影の力を操る者は地下に逃げた（後のキトラルザス）。
同作第76話「終着！！シンカリオンと新たなる出発」の後、ソウギョクは人類とシンカリオンを倒すために、ヴァルハラン、特にナハネとオハネフにその情報を送ったわけである。その一方で、ナハネとオハネフは地球奪還のためにソウギョクを利用した。もっとも、ソウギョクはビャッコに倒され、ナハネ＋ヴァルドルはハヤト＋少年ホクト＋E5はやぶさMkIIオーバークロスALFA-Xに倒されたわけだが。
その一方で、新幹線超進化研究所はヴァルハラン（当時は未知の敵と認識された）対策として、シンカリオン　ALFA-Xを造り、その運転士を探していた。結果的に、少年ホクトが一時的とはいえ、その運転士になった。
ホクトは本来、内向的な空想鉄道ファンである。しかし、少年時代はそのことを周囲に隠しつつも、自分の夢である次世代型超高速鉄道開発のために勉学に励んでいた。その意味でも、彼は根性がある。こうした努力が実ったために、大学で出水と出会うことで、本当の自分を取り戻すことができたわけである。
ハヤトの新幹線好きと80年代の国鉄・JRのCM好きはホクト譲りであることが分かった。また、ハルカの口癖や80年代のドラマ好みもホクト譲りであることが分かった。ということは、速杉家は通常、地上波やBSで鉄道・歴史関係番組を見ている一方、CSやYouTubeで80～90年代のテレビ番組を見ていることになる（要は速杉夫妻の趣味と思い出！）。
本作では、サクラさんがヒロインになっている。大人ホクトが行方不明になった時はやつれていたわけだし。
ミクはニヤマ高原スキー場でのライブで歌を披露したが、やはり青函連絡船記念館摩周丸がそのライブを主催したのだろうか。
ゲンブは新幹線超進化研究所　大宮支部の居候である。なお、E5はやぶさは彼の愛機になった。
ブラックシンカリオン　オーガはソウギョクの手に渡ったが、ビャッコが強奪した。
E5はやぶさMkII　オーバークロス　ALFA-Xへの合体だけでなく、ブラックシンカリオン　オーガ　オーバークロス　紅のそれも見応えがあった。
対ヴァルドル戦で、スザクとシンジ＋500 TYPE EVAは美味しいところを頂いた。
そういえば、2012年までは、ジャポニカ学習帳の表紙には虫の写真が掲載されていたな。
エンディングは現在までの速杉家の思い出である。
ホクトはハヤトの誕生時に、本作の件を覚えていた。