第66話「大炸裂！！オオマガリグランクロス」
オープニングが一部変更され、キリンが姿を現し、セイリュウはマスクを外した。
本話の舞台は、鉄道博物館、川越市、東日本旅客鉄道（JR東日本）川越線（いつになれば複線化するのやら）、東武鉄道　東武東上線、東武鉄道・JR東日本　川越駅、および、西武鉄道新宿線　本川越駅である。
本話は黒松本舗　草月の黒松（どら焼き）を紹介している。それゆえ、『美味しんぼ』のパロディーを含む。
アキタの適合率が下がった理由は、彼が目の前のプレッシャーに押されビームライフルを純粋に楽しめなくなったことに由来する。しかし、彼はハヤトのおかげで、ビームライフルの楽しさを思い出した。その結果、適合率が上昇し、シンカリオン E5 MkIIオーバークロスE6でビッグアイ2号（以下同機）を倒すことができた。
同機の必殺技であるオオマガリグランクロスの元ネタはJR東日本　大曲駅である。
イズモさんは純粋な人である。なお、彼は最後のシーンで三原を社員としてスカウトしようとしている。
キリンは何者かと内通している。

第67話「続け！！シャリンドリルもMkII」
本話の舞台は、鉄道博物館、東日本旅客鉄道（JR東日本）、東京大学　旧加賀屋敷御守殿門（赤門）、JR東日本　御茶ノ水駅、および、JR東日本　上越新幹線である
ハヤトやアズサ達がツラヌキを尾行したときに着た服が示すとおり、本話は『探偵物語』、シャーロック・ホームズシリーズ、および、金田一耕助シリーズのパロディーを含む。
ツラヌキは高校進学の準備として、塾に行くことを担任教師に申し出た。しかし、担任はツラヌキに宿題として「東京都文京区本郷に加賀屋敷があった理由」を提示した。
ツラヌキは加賀屋敷などの大名屋敷が江戸の高台にあったことを見出した。遂には、サクラさんに江戸城に関することを聞こうとした。この時のツラヌキを誤解しているハヤトがおかしくて笑えるw（ハルカに告白しようとしていると誤解したため）。
そして、ツラヌキは担任とサクラさんを介して、「1つのことをまっすぐ突き詰めれば、高いところに辿り着ける。そして、その時に見えるものを学ぶ」ことを学んだ。当然、彼は塾に通わないことを選んだ。
ツラヌキ達生徒に自分の頭で考えさせるよう促す担任は大した人である。
ギガントブリッジはシンカリオン E5 MkII オーバークロス E7（以下同機）の噛ませ橋である。しかし、キリンはアナザー・シャショットという隠し玉を用意している。
同機の必殺技であるイイヤマグランクロスの元ネタはJR東日本　飯山駅である。

第68話「謎の敵！！ブラックシンカリオン ナンバーズ」
本話の舞台は、鉄道博物館と東日本旅客鉄道（JR東日本）　山手線である。
本話は山手線に関するおさらいである。
リュウジの夢は指導長になることである。明確な目標を持つことは悪いことではない。進学・就職にはこうした動機付けが必要だからね。そのためには、JRグループに就職できるだけの学力を身に付けないとな。もっとも、彼は体育会系だから就職しやすいか。
もっとも、三原の様な指導長の立場にいるものでさえも、どの様な指導長になるのかは現在模索中である。人はそれぞれ異なるから、指導長としての考え方や態度も各人で異なるわけで。当然、リュウジも三原も各人に適した指導長としての考え方や態度を模索せざるを得ないわけで。
リュウジは空手のために戦術を、ひいては歴史を学んでいる。ヤン・ウェンリー『銀河英雄伝説』かよ。しかも彼はヤン程ではないが指揮官としては優秀である。
鉄道に関するハヤトの知識は余りにもマニアック過ぎる。
キリンはブラックナンバーズを使って、セイリュウとブラックシンカリオンを潰そうとしている。
E5×N700Aの必殺技である三河安城グランクロスの元ネタは東海旅客鉄道（JR東海）　三河安城駅である。

第69話「チェンジ！！シンカライザー」
本話の舞台は、鉄道博物館である。
本話は『プロフェッショナル　仕事の流儀』や『冬のソナタ』のパロディーを含む。
アズサは現場で働いている三原の動画で、ノンフィクション動画のコンクールの受賞を狙っている。要は、自分の動画の出来などをその道のプロに評価されることを望んでいる。
当然、このことを出水は了承している。その理由は、彼は上田家の居候であるスザクからキリンに関する情報を入手するためには、アズサを懐柔させる必要があるからである。
三原はズボラである。男女問わず、一人暮らしの独身はこんなものだけどね。
三原は特撮マニアである。
三原は今まで「なんとなく」で大学を卒業後、超進化研究所に就職したが、これって非常に凄くないか！
現在、ソウギョクはキリンの部下になっている。
ソウギョクはブラックナンバーズを使って、セイリュウとブラックシンカリオンを奪おうとしている。

第70話「ショック！！悲しみのセイリュウ」
本話の舞台は、鉄道博物館である。
セイリュウはソウギョクにブラックシンカリオンを奪われたことで、半年ほどの記憶を失った。しかし、彼はシノブの助言に従い、E3つばさアイアンウイングに乗ることで、記憶を取り戻した。
ソウギョクはブラックシンカリオンをキリンに届けた。そして、キリンはブラックシンカリオンを改造している。
感情は哺乳類が進化の過程で得たものである。感情に対して、理性は余りにも弱いということか…。
スザクは本庄のおかげで感情を知ることができた。
スザクは出水にゲンブ達をよみがえらせるよう頼んだ。また、出水達もそうしているところである。
スザクは感情が無いという割には、年齢を気にする性格であるw。
出水はブラックナンバーズによるジェットストリームアタック『機動戦士ガンダム』に関して言及しようとしたが、本庄と三原の発言により遮られたw。
最後のシーンで、キリンはその姿をハヤト達に披露した。

第71話「最強！！ブラックシンカリオンオーガ」
本話はブラックシンカリオンオーガの初登場回である。なお、シンカリオンはキトラルザスの技術を母体としている。ある意味、マスクドライダーシステム『仮面ライダーカブト』に近い。
本話の舞台は、鉄道博物館、東日本旅客鉄道（JR東日本）　上野駅、上野動物園、および、JR東日本　高輪ゲートウェイ駅である。
フランスでも、シンカリオンと同種のロボットが開発され、また、その運転士も育成されている。
ヤクモはフランスの研究所に所属しているが、現在は高輪ゲートウェイ駅近くの研究施設に勤務している。
アズサにはシンカリオンの運転士やその候補の適合率を鑑別できる。ヤクモはアズサをスカウトした。なお、この2人はイズモがキリンと内通していることを知らない…。
アズサにとって、ハヤトは心強いナイト兼「相棒」である。
ハヤトは電車が通っている場所を自動車で行くとやさぐれるが、ある意味アキタ等の地方出身者には失礼だぞ（東北・北陸地方は典型的な車社会）。
キリンは冷徹な合理主義者である。彼はハヤトを仲間に引き入れようとしている。
再生巨大怪物体はハヤト達の力量を探るために作られた。

第72話「共存！！ヒトとキトラルザス」
本話の舞台は、鉄道博物館である。
キリンはキトラルザスが生き残るためには、地上に上がるべきだと考えていた。彼は地上にいる間、同胞にその情報を送り続けていた。
キリンはその間に八代と知り合った。両者は人類とキトラルザスの共存の道を模索していた。
キリンは人類との共存に関しては悲観的だった。その一方で、八代は次世代（要はハヤトらシンカリオンの運転士）に共存という名の未来を託していた。
キリンは人類とキトラルザスの共存を望んでいる。彼の発言自体には問題が無い。しかし、その条件として、それを望まない勢力の「物理的排除」を伴う場合は、一気に胡散臭くなる。
また、キリンは八代がシンカリオンに運転士の適合率という概念を導入した理由も探している。
ソウギョクは最終的にはキリンを裏切るであろう。実際、キリンに無断で、ブラックナンバーズを出撃させたわけだし。
東海・西日本・九州チームはトラブル・シューター担当である。
アズサの行動は自己顕示欲に基づくが、ハヤト達運転士の行動は「好き」という純粋な思いに基づく。
キリンにとって、アズサ（人間スカウター）は興味深い存在である。
ホクトは新型シンカリオンを開発している。

第73話「究極のオーバークロス！！923ドクターイエロー」
本話の舞台は、鉄道博物館、東京都新宿区一帯、東日本旅客鉄道（JR東日本）　品川駅一帯、東京都千代田区霞が関一帯（キリンの発言でのみ）、愛知県犬山市（名古屋市の郊外、サクラさんの回想でのみ）、および、鹿児島県桜島である。
本話で、都市―地方間格差だけでなく、全国新幹線鉄道整備法や新幹線によるストロー効果に関しても言及されている。都市―地方間格差やストロー効果は、3人の地方民シンカリオン運転士にとっては、非常に深刻な問題だからな。また、犬山市出身のサクラさんの友人は「（犬山市や名古屋市よりも）東京の方が良い」と言っている。
2006年、倉敷イズモはキリンと出会った。
全国新幹線鉄道整備法に基づいて、政府などは日本全国に新幹線を通そうといたが、予算などの都合でそうすることは非常に困難であった。
そこで、イズモはキリンと協力し、かつ、キトラルザスの技術を利用して、は日本全国に新幹線を通そうとしていた。しかし、その試みは結果的に水泡に帰した。
キリンは人類とキトラルザスの共存を望んでいるとはいえ、反抗的な勢力を排除しようとしていた。一方、ハヤトは人類とキトラルザスの共存を望むがゆえに、互いの差を認めることを選んだ。その結果、強硬派のキリンは穏健派のハヤト達と対立することになった。その結果、セイリュウはハヤト達を大切に思うがゆえに、人類とキトラルザスは互いに別の場所で暮らすべきと考えた（消極的共生というか棲み分け）。
幸運にも、セイリュウの元にブラックシンカリオンが戻った。
シンカリオン　923ドクターイエローはハヤト達にとっては、「救いの神」である。
シンカリオン E5 Mk II　オーバークロス 923ドクターイエロー、ブラックシンカリオン　オーガ　ライジングモード、および、ブラックシンカリオンの最終決戦場が雲海になった理由は、作画の手間を省くためである。

第74話「大爆発！！漆黒の決闘」
本話の舞台は、鉄道博物館、鹿児島県桜島、東京都庁、および、リニア・鉄道館などである。
政府が超進化研究所からキトラルザスとの交渉権を奪ったことは当然である。
しかし、出水が大宮支部によるセイリュウとブラックシンカリオンの救出を「社会科見学」という名目で容認した東は太っ腹である。
クラシキ重工は品川と桜島地下を繋ぐトンネルを100年以上前に造ったわけである。このトンネルを使って、キリンとソウギョクは同胞にシンカリオンに情報を伝えたわけである。
シンカリオンは大人にとっては兵器だが、子供にとってはロボットに変形する新幹線にして、人同士をつなぐ手段である。
アズサによるシンカリオンの記録動画のおかげで、アキタら運転士は支持を集めることができたが、彼らはその理由を現時点では知ることができないことが妙におかしい。シンカリオンの運転席にはPC類は設置されていないし、運転士はスマートフォンでその動画を見るわけにはいかないしね。

第75話「最終決戦！！チームシンカリオンVSブラックシンカリオンオーガ」
本話の舞台は、リニア・鉄道館である。
ブラックシンカリオンオーガは、シンカリオンにとっての「最終到達点」である。
最終決戦はチームシンカリオンによるタコ殴りである。
ルクスヴェテは「互いに協力する力」を増幅できる。

第76話「終着！！シンカリオンと新たなる出発」
本話の舞台は、リニア・鉄道館、JR東日本・JR東海　東京駅、鉄道博物館、および、京都鉄道博物館である。
ルクスヴェテはヒトの生体エネルギーで複製する。
スザクやアズサ達がルクスヴェテを使って、シンカリオン用レールを作る展開は意外かつ、燃える。なお、こうしたルクスヴェテにより、ビャッコとゲンブは復活した。
シンカリオン E5 Mk II×ブラックシンカリオン紅が他のシンカリオンの協力を得て、ブラックシンカリオンオーガを倒すシーンは燃えるね。
ブラックシンカリオンオーガとの戦いの後の各キャラクターの生活は以下の通り。
ハヤト達の人間の運転士：日常に復帰。
三原：ユーチューバーとしてアズサに弟子入り。
カエデさん：無事退院。
セイリュウ・スザク：ハヤト達人類と共存。
ビャッコ：カイレンを蘇生後、彼と共に他の惑星に移住することを考える。
キリン：超進化研究所総合指令室に保護（むしろ監視）されている。
ソウギョク：逃亡・潜伏中。彼が映画での敵になるかも？

アニメサタデー630枠の消滅は悲しいが、JNNとOLMがこれらの素晴らしい作品を提供したことに感謝する！