第40話「地下へ！！シンカリオンVSビャッコ」
本話の舞台は、鉄道博物館とリニア・鉄道館である。
本話でハヤトが行っていたことは交渉術の基本である。リュウジは彼の護衛である。しかし、彼の交渉が強硬派（トラメ）に妨害される、または、交渉相手（ビャッコ）が彼の知らないところで粛清される（ビャッコはカイレンに粛清された）ことで、交渉が中断することはよくある。
ドクターイエローは防御能力に優れている。
羽島はハヤトの著しい成長に驚いている。
キトラルザスは一枚岩ではなく、ゲンブとセイリュウは「人の心が人類の強さである」ことに気付いているが、スザクはそれに懐疑的で、トラメはそれに興味すら抱かない。

第41話「会議！！ハヤトの誕生日を祝え」
本話の舞台は、鉄道博物館である。
本話は『新世紀エヴァンゲリオン』と『ルパン三世』のパロディーを含む。
本話は「休日おでかけパス」や「Gran Class」のPR回である。
本来なら「さいたま市大宮区」と表示されるべき箇所が「大宮市」と表示されているぞ！
ある人物向けのプレゼントが重複してしまうことは割とあるからな。
シノブの発言から、東北地方は車社会であることを思い知らされる。
ハヤトとアズサは幼馴染であったが、小学校入学の時点で、趣味の違いにより疎遠になった。こういうことはよくある。
アズサに篭絡される本庄は視聴者を笑わせてくれる。
三原は誕生日プレゼントとして、両親から自分の誕生年に作られたワインを貰った。彼女はその味が分からなかったが、両親の心遣いに感動した。これが、全国版コンパス時刻表2007年10月号の伏線になった。
最終的には、誕生日プレゼントとして、ハヤトに対して、アキタ達子供チームは全国版コンパス時刻表2007年10月号を贈り、三原達大人チームは「東京―仙台間　はやぶさ13号　Gran Classグリーン券」を贈った。
カイレンは只の戦闘要員である。E5＋E7とE6＋E3が登場。

第42話「東へ！！初めてのグランクラス」
本話は『タモリ倶楽部』と『孤独のグルメ』のパロディーを含む。
本話の舞台は、鉄道博物館、JR東日本　東京駅、JR東日本　利府駅、JR東日本　新利府駅、新幹線総合車両センター、及び、JR東日本　仙台駅である。
である。
本話は本格的な「Gran Class」のPR回である。
大人でさえも「Gran Class」に乗るときは身構えする。ましてや、ハヤト等の子供なら…。
「トランヴェール」もPRされている。
「Gran Class」の軽食は立派な食事である。
ハヤトの成長を見たシャショットが一抹の寂しさを覚えることが妙にリアルである。もっとも、彼は三原のおかげで、ハヤトのブレーキ役になることを決めたわけだが。
ハルカは「ひょうたん揚げ」を食べたがっているが、これはお持ち帰りに適さないような気がするが？
ゲンブは人類との共存を望んでおり、それをハヤトに託している。そのことを示すために、彼は身を以って、シンカリオンとその運転士の強さをソウギョクに見せることになった。もっとも、カイレンと同様に、ソウギョクには人類と共存する気はないらしい。

第43話「交流！！ゲンブとの対話を探れ」
本話の舞台は、鉄道博物館、JR東日本・東武鉄道　大宮駅、及び、東武動物公園である。
ゲンブは東日本司令室大宮支部に保護された。
ゲンブはキトラルザスのことを出水やハヤトに話せなかったのは、同胞を守るためである。彼は成人である前者を警戒していたが、子供である後者にはある程度心を許したようである。
ゲンブはハヤトにより新幹線に興味を抱いた。
ツラヌキは出水の許可を得て、ゲンブを接待した。その内容は1日遅れの東武動物公園での仮装パーティーである。異世界人のゲンブと打ち解けるために接待するという発想が、土木建築業者であるツラヌキらしい。
仮装パーティーでの各人の衣装では、ハヤトの衣装は大幅にずれている、シノブのそれは微妙にずれている。当然他の人のそれらは真面である。
まさかこんなところで、土木建築業（本話での大門山建設）における外国人労働者が言及されるとは。
本庄はツラヌキになめられているw。
ヒュージタートル等のクレアツルスが地上で行動するためには、胸等に球状の生命維持装置を埋め込む必要がある。
イザは体の石化が始まっている…。

第44話「家族！！アキタと思い出のケーキ」
本話の舞台は、鉄道博物館とその周辺である。
本話のテーマは2つあり、1つ目は「思い出を他の人と分かち合うことは楽しい」で、2つ目は「思いや願いが裏切られることは割とある」である。
1つ目のテーマに関しては、ハヤト達はアキタの思い出のケーキを再現し、ゲンブにあげた。そして、ゲンブはそのケーキを喜んで食べた後、東日本司令室大宮支部への協力を約束した。
2つ目のテーマに関しては、ゲンブは上記の約束をしたものの、結局はソウギョクの操り人形にされてしまった。ハヤト達はゲンブを救うためとはいえ、彼に手をかけてしまった…。そして、ゲンブはハヤト達にセイリュウを託して死んでしまった…。
キトラルザスは化学合成生物（例．鉄バクテリア）のようである。
ゲンブのための食事に関して、アズサが志村新八『銀魂』になっている。
ちらし寿司を好むツラヌキが日本海沿岸の住民であること、また、山菜お強を好むシノブが内陸民であることを思い知らされる。
アキタが通信販売で高級スイーツを頻繁に買っていることは意外である。と言うことは、彼の実家は結構裕福かも。見たところ、マタギと農家の兼業のようだし。
イザがブラックシンカリオンを造ったようである。

第45話「山形！！シノブが運転士脱退」
本話の舞台は、鉄道博物館とJR東日本　新庄駅である。
明治時代、シノブの実家は忍術の伝統を守るために、興信所を開業した。しかし、彼の父は沖縄県で海の家の開業を決めた。やはり、忍術の伝統を守るためとはいえ、浮気調査、ペット探し、及び、盗聴盗撮調査に嫌気がさしたためだろうか？
シノブは立場上沖縄県に引っ越しせざるを得ないとはいえ、本心ではハヤト達と一緒にいたいと思っている。
そんな彼の本心を引き出すために、「山形新幹線に乗って帰るだけのツアー」を考え実行させたハヤトは凄いというか何と言うかw。当然経費は大宮支部が提供した。なお、アズサはこのツアーとハヤトに対して、一般人の視点で突っ込んでいる。普通さいたま市民が新庄市に訪れたら、観光するわな。
アズサのおかげで、新幹線ではなく自分が仲間同士の気持ちを繋いでいることにハヤトは気付いた。
アズサはギン、ジョウ、レイ、及び、タカトラとは面識が余りないからね。
シャショットは慌てふためくと、人間の言葉が話せなくなる。
キトラルザスは、ソウギョク・トラメ派とセイリュウ・スザク派に分裂した。しかも、前者が後者に対して優勢で、しかも、ソウギョクはセイリュウを対シンカリオン用の捨て駒として利用しようとしている。
本話でJR東日本による「行くぜ、東北。「釣りびとたち」篇」（福島県桧原湖）のCMが放送された。冬の桧原湖を含む裏磐梯は冷えるだろうな。

第46話「襲来！！怒りのブラックシンカリオン」
本話の舞台は、鉄道博物館、京都鉄道博物館、リニア・鉄道館、音羽山トンネル（京都府京都市山科区と滋賀県大津市の境界）付近、JR東日本　東北本線　片岡駅付近、及び、JR東海　名古屋駅（？）付近である。
リュウジの行儀が良いのは、親譲りであることが容易に推察される。
リュウジは最年長のシンカリオン運転士ゆえ、苦労人になっている。というか、ギン、ジョウ、および、レイが奔放すぎるわ。タカトラは妙に理屈っぽいし。
リュウジは三原の下でオペレーター研修を受けることで、彼女が運転士の気持ちを優先することにしていることを知った。
そして、リュウジは、ギン、ジョウ、レイ、および、タカトラがシンカリオンの運転に楽しさを見出していることを知った。
ソウギョクは非常に悪辣で、イザを出し抜いてまでも、シンカリオンを確実に倒そうとしている。なお、セイリュウ＋ブラックシンカリオンとテレストリアル・サラマンダーはそのための駒である。
本話で東京ステーションシティのCMが放送された。

第47話「適合！！E5×ドクターイエロー」
本話の舞台は、音羽山トンネル（京都府京都市山科区と滋賀県大津市の境界）付近、JR東日本　東北本線　片岡駅付近、及び、JR東海　名古屋駅（？）付近である。
本話でE5×ドクターイエローが初登場し、ブラックシンカリオンを圧倒した。その甲斐あって、ハヤトは辛うじてセイリュウの誤解を解け始めることができた。
ハヤトのシンカリオンと適合率が100％に達したため、E5×ドクターイエローは機能停止した。しかし、この時ハヤトはセイリュウと対話できた。
ハヤトとリュウジ以外のシンカリオン運転士はテレストリアル・サラマンダーを撃破した。
キトラルザスにとって、イザはよそ者でしかない。
ソウギョクは人類を絶滅させようとしている。その一方で、イザは、人類との懸け橋として（？）、セイリュウに希望を託している。

第48話「師走！！超進化研究所大忘年会」
本話の舞台は、鉄道博物館、JR東日本・東京メトロ　王子駅、北とぴあ（特に展望レストラン「山海亭」.）、および、JR東日本・東京メトロ　上野駅である。
本話のテーマは、「忘年会の幹事の仕事は大変」である。実際、昨年、本庄は大忘年会の幹事を任されたが、会場設定が悪かった（大宮駅近辺の駅ビルの地下1階にある居酒屋？）ため、且つ、かくし芸が余りにも寒すぎたので、周囲、特に出水からの不興を買った…。
本年では、三原が大忘年会の幹事になった。しかし、職員が彼女に助言することは禁止されていることになっているので、本庄はハヤト達を介して間接的に助言することにした。
その甲斐あって、三原は大忘年会を成功させた。なお、三原やハヤト達のかくし芸はBOYS AND MENの物まねである。なお、この大忘年会にはBOYS AND MENがゲストとして参加した。このシーンは、コロッケ（以下敬称略）と美川憲一のパロディーである。
まさか、セイリュウが新幹線によるストロー効果について言及するとは…。なお、彼はハヤト達に加勢したことで、ソウギョクやトラメと対立することになる。さて、スザクはどう動く？
キトラルザスの種族の視覚は、ヒトのそれとは異なる。
ホリッドブロッサムの攻撃により、E3つばさは右腕を失った。

第49話「疾風！！E3つばさアイアンウィング」
本話の舞台は、鉄道博物館とその周辺（特に埼玉新都市交通株式会社のニューシャトル）、ならびに、JR東日本・東京メトロ　上野駅周辺である。
クリスマスが近いので、広島電鉄株式会社のクリスマス電車だけでなく、ホームタウン・エクスプレス X'mas編（仕方がないとはいえ、そのCM自体は使えず、アニメで再現されることになった）が言及された。
シノブがクリスマスを知らない理由は、実家にクリスマスを祝う習慣がない、かつ、同世代の子供とあまり親しくないためと思われる。そういえば、彼の祖父が住む地域は過疎化が進んでいるようだし。
上野駅周辺なら小学生でも迷子になりにくいしね。そういえば、セイリュウは地上で何をしていたのやら？
アズサとセイリュウが上野駅から大宮駅まで東北新幹線で移動したことに、ハヤトは不満を漏らしたが、ハヤトだって同様のことをしたでしょうが。
E3つばさアイアンウィング（初登場）は出水が贈ったシノブ用のクリスマス・プレゼントである。シノブは状況に応じて、E3つばさとE3つばさアイアンウィングを使い分けるのだろうか。
トラメの戦闘形態はサイ＋トリケラトプスである。
本話で、スザクとセイリュウは本格的にソウギョクやトラメと対立することになった。

第50話「共闘！！ブラックシンカリオンVSトラメ」
本話の舞台も、鉄道博物館とその周辺、ならびに、JR東日本・東京メトロ　上野駅周辺である。
本話では、クリスマス・エクスプレス（仕方がないとはいえ、そのCM自体は使えず、アニメで再現されることになった）が言及された。
倉敷ヤクモ（科学産業省官僚で、三原の幼馴染兼婚約者）の元ネタは、JR西日本　倉敷駅と特急「やくも」号である。
倉敷によると、シンカリオンは海外でも注目されている。
トラメとの戦いで、ハヤト達はセイリュウを仲間と認めた。
三原は倉敷からの結婚の申し出を断った。そのおかげで、本庄は救われたのかな？
カイレンの信条は「弱肉強食」らしい。

第51話「更新！！フタバの業務日誌」
本話の舞台は鉄道博物館である。
本話は三原から見た総集編である。なお、彼女は新幹線で通勤している。
シャショットはその開発者が失踪しているため（？）、ブラック・ボックスになっている。
新幹線超進化研究所はキトラルザスの内部事情など分からないわけだし。

第52話『集え！！シンカリオン運転士新年会』
アバンは運転士による新年の挨拶である。
エンディングとエンディング・テーマが変更された。
本話の舞台は、明治神宮（図01）とJR東日本　原宿駅（特に明治神宮敷地内「臨時ホーム」、図02）である。氷川神社（埼玉県さいたま市大宮区、図03）は名前だけが紹介された。
大みそかの終夜運転だけでなく、ユーロスター・イタリア（イタリア）などの外国の高速鉄道が言及された。
セイリュウは上田家の居候になった。
本話は麺尽くしであった。なお、各人が持参、または、宅配で送った面は以下の通りである。
アキタ：稲庭うどん（実家から持参）、レイ：博多うどん（実家から持参）、ツラヌキ：越前そば（福井県内の温泉旅行の土産）、シノブ：沖縄ソーキそば（沖縄県引っ越し？の土産）、リュウジ：きしめん（宅配）、ミク：函館塩ラーメン（宅配）
となると、ギンとジョウ、ならびに、タカトラは何を贈ったのかな？
ディノウイングは只のやられ役。
それにしても、電磁波って、巻き取れるのか？
カイレンはソウギョクの上司である。

図01．明治神宮　御社殿。撮影日：2016年12月29日。

図02．JR東日本　原宿駅　明治神宮敷地内「臨時ホーム」。撮影日：2016年12月29日。

図03．氷川神社　拝殿。撮影日：2019年08月13日。