2024年03月31日での4時間限定第1話最速YouTube配信で視聴。
本話は、東日本旅客鉄道（JR東日本）　南与野駅・大宮駅、ならびに、鉄道博物館（超進化鉄道開発機構（ERDA）の隠れ蓑の1つで、本体の方）を紹介している。
本作は『新幹線変形ロボ　シンカリオンZ』から10年後の出来事の様である。
シンカリオン自体は機密事項とはいえ、その存在は都市伝説になっている。
新幹線の陸上輸送なんて、そう簡単に見られるものではないからね。
タイセイは姉であるイナの手がかりを掴むために、進開学園に転入した。なお、前者のビーナは一般のビーナと異なり、後者に調製されたので、自我がある。
リョータはお調子者であるが気配りができるので、タイセイにとって救いになっている。
マイはイナに憧れている。
進開学園鉄道部は現実では最弱小部だが、メタバース空間では人気がある。とはいえ、鉄道部のメタバース空間の方よりも、タイセイ個人が作ったメタバース空間での駅の方が、内容が充実している。
鉄道部はERDAの隠れ蓑の1つで、フロントの方である。なお、メタバース空間が普及していることに時代を感じる。
カドミチ（進開学園の国語教師で、鉄道部の顧問。かつ、ERDA職員）は運転シミュレーターを開発したとはいえ、タイセイがシンカリオン運転士としての適性が非常に高いことに驚愕した。その結果、タイセイはE5はやぶさの運転士に選ばれた。
そして、タイセイはE5はやぶさの運転士として、埼玉県さいたま市大宮区に現れた謎の敵に立ち向かう。