DNAと聞いてすぐに思い浮かぶのは核DNAだと思います。
核DNAは名前の通り、細胞の核に存在していて、通常2コピーあります(染色体23本が2セット)。そして、核DNAは30億塩基対からなる線形の2本鎖です。
それに対してミトコンドリアDNA(mtDNA)は細胞内小器官の一つであるミトコンドリアの中にあり、1細胞に100~1000コピー存在します。そして、16,569塩基対からなる環状の2本鎖となっています。
つまり、ミトコンドリアDNAの方が数が多く、かつコンパクトであるため、調べるのが容易なのです。

補足として、ミトコンドリアDNAは母親からしか遺伝しません。つまり、ミトコンドリアDNAを調べただけでは、祖先の半分しか分からない、という事になります。