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田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまう…

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田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまうので、解析方法のメモなどを載せていく予定です。

LD_LIBRARY_PATHのエラー

freesurferにはsegmentThalamicNuclei.shという視床をsubregionに分割してくれるプログラムがあります。久しぶりにこれを実行しようとしたところ、以下のようなエラーになりました。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー libGL error: MESA-LOADER: failed to open iris: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません libGL error:

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    • bashの[[]]と[]

      bashで条件式を書きたい時、書き方は[[ 条件式 ]]と[ 条件式 ]の２通りあります。どちらも「カッコ内の条件が真なら」という意味になるのですが、[[ 条件式 ]]はほぼ[ 条件式 ]の上位互換です。というのはカッコ内に&&, ||が使えたり、()<>などを引用符で囲ったりしなくてすむのでより使い勝手がいいです。 ただ、数少ない例外がパス名展開をファイルに対して使いたい時です。 例えば、DWI.niiという名前か、DWI.nii.gzという名前か、どちらでも良いのでファ

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      • MacとLinuxのシステム情報

        recon-allをいくつなら安全に並列で走らせられるか？という時などに、メモリやCPUの数を知りたいことがあります。webを探せばいくらでも載っていますが、あまりまとめては載っていないので。。。 maccpu論理コア数（これが大事） 　sysctl -n hw.logicalcpu_max 物理コア数 　sysctl -n hw.physicalcpu_max 物理メモリ （追記）こっちの方が見やすいことに気づきました。詳しくはページ末尾にあります。 　system_pr

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        • How to make a slspec file

          SummaryThere is a MRI scan order called "interleaved," in which every other slice is acquired consecutively. Diffusion-weighted images are often acquired by this method. If a subject moves violently even within a single volume scan, the sl

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        LD_LIBRARY_PATHのエラー

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          bvecを簡単に視覚化する

          dcm2niixを使ってdMRIのDICOMをNIfTIファイルに変換すると、〇〇.bvecというMPGの軸方向を記載したファイルを作ってくれます。Matlabのファイルエクスチェンジにあるarrow3を使うとbvecファイルを簡単に視覚化することができます。 準備 まず、以下のmatlab　Fileexchangeページからarrow3というツールをダウンロードします。 https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchan

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          bvecを簡単に視覚化する

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          FSLアトラスの領域名

          FSLにはたくさんのアトラスが搭載されています。上図はfsleyes でHarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mmをMNI標準脳に重ねて表示したものです。下図のようにSettings⇨Ortho view⇨Atlasesを選んでアトラスパネルを表示させると、カーソル位置がアトラスのどの領域にあたるのか見ることができます。これはprobabilistic atlasなので各領域である確率が示されています。詳しい使い方についてはfsleyesのドキュ

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          FSLアトラスの領域名

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          画像情報をまとめて見る

          ディレクトリ内に複数の被験者フォルダがある時、それぞれの画像のインフォメーション（ex.ボリューム数、解像度など）を被験者番号順にまとめて見たい 例えばFSLのコマンドのfslhdを使ってDWI画像のボリューム数を見る場合、通常は fslhd DWI.nii とすると filename DWI.nii ・・・ dim0 4 dim1 256 dim2 256 dim3 74 dim4 54 ・・・ dim4が四次元方向のボリューム数になります。 でも複数の被験者（

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          画像情報をまとめて見る

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          slspecファイルの作り方

          概要MRIの撮影法に「interleaved」という方法がある。1枚おきにタイミングを変えて撮影する方法で、拡散強調像は主にこの方法で取得される。この方法で撮影中に体動が激しいと、一つのvolume内でも動きが出てスライスの繋がりがおかしくなってしまい、矢状断、冠状断で見たときにこんなジグザグパターンの画像が出来上がる。FSL(FMRIB Software Library)のツールを用いてこれを補正する方法についてまとめた。 追記（2023年10月5日） 以下の内容をほ

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          slspecファイルの作り方

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          ファイル圧縮や解凍をモニターする

          tarコマンドとpvコマンドを使います。 ファイル圧縮や解凍に時間がかかって、一体いつまで・・・？という時がありますが、pvを使うと終わった量、かかった時間、速度、プログレスバーを出してくれるので状況がわかって便利です。 ＃圧縮tar czf - data | pv > data.tar.gz$ 446MiB 0:00:43 [10.2MiB/s] [ <=> ]＃解凍pv data.tar.gz | tar xzf -$ 44

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          ファイル圧縮や解凍をモニターする

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          FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

          例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合 前提条件 アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI（VOI）を取り出す。 方法 FSLに含まれているfslmathsのコマンドを使う。 アトラスはatlas.nii, 右Heschl回の番号が84とする。 取り出したROIには任意の名前をつけられる。今回はHG_r-84.niiと言う名前にする。この時のコマンドは fslmaths atlas.nii

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          FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

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