lop-eared

田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまう…

lop-eared

田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまうので、解析方法のメモなどを載せていく予定です。

LD_LIBRARY_PATHのエラー

freesurferにはsegmentThalamicNuclei.shという視床をsubregionに分割してくれるプログラムがあります。久しぶりにこれを実行しようとしたところ、以下のようなエラーにな…

lop-eared
lop-eared
1か月前
3

bashの[[]]と[]

bashで条件式を書きたい時、書き方は[[ 条件式 ]]と[ 条件式 ]の２通りあります。どちらも「カッコ内の条件が真なら」という意味になるのですが、[[ 条件式 ]]はほぼ[ 条件…

lop-eared
lop-eared
2か月前

MacとLinuxのシステム情報

recon-allをいくつなら安全に並列で走らせられるか？という時などに、メモリやCPUの数を知りたいことがあります。webを探せばいくらでも載っていますが、あまりまとめては…

lop-eared
lop-eared
3か月前
2

How to make a slspec file

SummaryThere is a MRI scan order called "interleaved," in which every other slice is acquired consecutively. Diffusion-weighted images are often acquired by th…

lop-eared
lop-eared
4か月前
4

bvecを簡単に視覚化する

dcm2niixを使ってdMRIのDICOMをNIfTIファイルに変換すると、〇〇.bvecというMPGの軸方向を記載したファイルを作ってくれます。Matlabのファイルエクスチェンジにあるarrow3…

lop-eared
lop-eared
4か月前
2

FSLアトラスの領域名

FSLにはたくさんのアトラスが搭載されています。上図はfsleyes でHarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mmをMNI標準脳に重ねて表示したものです。下図のようにSettings⇨Orth…

lop-eared
lop-eared
6か月前
1

画像情報をまとめて見る

ディレクトリ内に複数の被験者フォルダがある時、それぞれの画像のインフォメーション（ex.ボリューム数、解像度など）を被験者番号順にまとめて見たい 例えばFSLのコマン…

lop-eared
lop-eared
6か月前
1

slspecファイルの作り方

概要MRIの撮影法に「interleaved」という方法がある。1枚おきにタイミングを変えて撮影する方法で、拡散強調像は主にこの方法で取得される。この方法で撮影中に体動が激し…

lop-eared
lop-eared
8か月前
4

ファイル圧縮や解凍をモニターする

tarコマンドとpvコマンドを使います。 ファイル圧縮や解凍に時間がかかって、一体いつまで・・・？という時がありますが、pvを使うと終わった量、かかった時間、速度、プ…

lop-eared
lop-eared
8か月前

FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合 前提条件 アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI（VOI）を…

lop-eared
lop-eared
9か月前
4
lop-eared

lop-eared

LD_LIBRARY_PATHのエラー

LD_LIBRARY_PATHのエラー

freesurferにはsegmentThalamicNuclei.shという視床をsubregionに分割してくれるプログラムがあります。久しぶりにこれを実行しようとしたところ、以下のようなエラーになりました。

ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
libGL error: MESA-LOADER: failed to open iris: 共有オブジェクトファイルを開けませ

もっとみる
lop-eared

lop-eared

bashの[[]]と[]

bashの[[]]と[]

bashで条件式を書きたい時、書き方は[[ 条件式 ]]と[ 条件式 ]の２通りあります。どちらも「カッコ内の条件が真なら」という意味になるのですが、[[ 条件式 ]]はほぼ[ 条件式 ]の上位互換です。というのはカッコ内に&&, ||が使えたり、()<>などを引用符で囲ったりしなくてすむのでより使い勝手がいいです。

ただ、数少ない例外がパス名展開をファイルに対して使いたい時です。
例えば、DW

もっとみる
lop-eared

lop-eared

MacとLinuxのシステム情報

recon-allをいくつなら安全に並列で走らせられるか？という時などに、メモリやCPUの数を知りたいことがあります。webを探せばいくらでも載っていますが、あまりまとめては載っていないので。。。

maccpu論理コア数（これが大事）
　sysctl -n hw.logicalcpu_max
物理コア数
　sysctl -n hw.physicalcpu_max
物理メモリ
（追記）こっちの方が

もっとみる
lop-eared

lop-eared

How to make a slspec file

How to make a slspec file


SummaryThere is a MRI scan order called "interleaved," in which every other slice is acquired consecutively. Diffusion-weighted images are often acquired by this method. If a subject moves violently

もっとみる
lop-eared

lop-eared

bvecを簡単に視覚化する

bvecを簡単に視覚化する

dcm2niixを使ってdMRIのDICOMをNIfTIファイルに変換すると、〇〇.bvecというMPGの軸方向を記載したファイルを作ってくれます。Matlabのファイルエクスチェンジにあるarrow3を使うとbvecファイルを簡単に視覚化することができます。

準備

まず、以下のmatlab　Fileexchangeページからarrow3というツールをダウンロードします。
https://ww

もっとみる
lop-eared

lop-eared

FSLアトラスの領域名

FSLアトラスの領域名

FSLにはたくさんのアトラスが搭載されています。上図はfsleyes でHarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mmをMNI標準脳に重ねて表示したものです。下図のようにSettings⇨Ortho view⇨Atlasesを選んでアトラスパネルを表示させると、カーソル位置がアトラスのどの領域にあたるのか見ることができます。これはprobabilistic atlasなの

もっとみる
lop-eared

lop-eared

画像情報をまとめて見る

ディレクトリ内に複数の被験者フォルダがある時、それぞれの画像のインフォメーション（ex.ボリューム数、解像度など）を被験者番号順にまとめて見たい

例えばFSLのコマンドのfslhdを使ってDWI画像のボリューム数を見る場合、通常は

fslhd DWI.nii

とすると

filename DWI.nii
・・・
dim0 4
dim1 256
dim2 256
dim3 74
dim4 5

もっとみる
lop-eared

lop-eared

slspecファイルの作り方

slspecファイルの作り方


概要MRIの撮影法に「interleaved」という方法がある。1枚おきにタイミングを変えて撮影する方法で、拡散強調像は主にこの方法で取得される。この方法で撮影中に体動が激しいと、一つのvolume内でも動きが出てスライスの繋がりがおかしくなってしまい、矢状断、冠状断で見たときにこんなジグザグパターンの画像が出来上がる。FSL(FMRIB Software Library)のツールを用いてこれを

もっとみる
lop-eared

lop-eared

ファイル圧縮や解凍をモニターする

ファイル圧縮や解凍をモニターする

tarコマンドとpvコマンドを使います。

ファイル圧縮や解凍に時間がかかって、一体いつまで・・・？という時がありますが、pvを使うと終わった量、かかった時間、速度、プログレスバーを出してくれるので状況がわかって便利です。
#圧縮tar czf - data | pv > data.tar.gz$ 446MiB 0:00:43 [10.2MiB/s] [

もっとみる
lop-eared

lop-eared

FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合

前提条件
アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI（VOI）を取り出す。

方法
FSLに含まれているfslmathsのコマンドを使う。

アトラスはatlas.nii, 右Heschl回の番号が84とする。
取り出したROIには任意の名前をつけられる。今回はHG_r-84.n

もっとみる