すべてを詳しく知っている訳ではないのですがアチコチから聞こえてきた話を整理してみる。
違ってたらそれ違うと指摘してもらえれば幸いです。

サポーター内の対立の源流は
2017年頃のチームの成績に対してフロント（GM）も責任とって辞めろ！選手だけが責任感じて辞めるのはおかしい！問題から始まったようです。
いわゆるY氏擁護派と辞めろ派（不信感）の対立。これが不協和音の始まり。（もしかしたらその前から予兆はあったかもですが未確認）そうこうしているうちに（前後関係は不明）サポーターの素行不良問題、対戦チームサポへの威嚇や嫌がらせ、失礼な言動や行動、敵対心丸出し、またサポ内での意見の不一致、対立等でイロイロあったようです。（詳しくは知らない）この時クラブ主導での問題解決を目指したりもしたようですが元々サポーターの行動を制限する法律的根拠等もなく（雇用も支配も所属もしてない人）、試合会場で暴れたりすれば拘束、退場、出禁等の対処は出来てもそれ以上は直接的な犯罪行為等ない限り対応が難しい状況で時間が過ぎ、サポーターから離脱者多数で有耶無耶になってたようです。ここでは第三者入れてもまともな議論が出来ない状況（話し合いの場はあったらしい）でこの時点で会話が成立しない問題が認識されたようです。
で
そんなこんながあって前社長とイケてるボードメンバーが登場しクラブを支配。ここで前社長の方針支持派と不信感持った派が新たに発生。
対立構造で言うと
・Y氏に不信感ある派
・Y氏支持派の中でもＮ氏支持派とN氏不支持派
という構造が発生し現在に至るって感じのようです。
その他として選手応援しか興味無い派や何が何でもJ参入派等も存在
そしてＮ氏時代の不正問題告発側活動に対しＮ氏支持派や選手応援派、Ｊ入り派等の特にオンラインでの口撃がまあアレだったのですが不正確定してからもイロイロありその事実を認める事もなく燻ったまま現在に至る。で何かあるとこの燻りを源流にザワザワって感じが始まり、会話が成立しない（問題解決の為の与件整理ができない）のでよくわからないまま感情ベースの擁護とアンチの対立構造が露出してしまうわけです。
これが個人的に見えてる現状なんですが、違うよって話があれば教えてもらえればと思います。

まあ第三者から見たらコイツラ何やってんねん！や、また始まったわ！って感覚になるかなど。
これ解決方法あるのか？と言うことなんですが、元々奈良クラブに求める物が違い過ぎて、しかも目的達成の為のアプローチやそもそも常識の基準も違いすぎる為、ガッチリ一致団結した集団目指す事が無理じゃねって感じではあるのですが、何か問題発生したときには「まずは何が問題なのか？何に対してツッコミ入っているのか」を確認する姿勢を持つことが出来るか？って確認作業から始めるしかないよなーって感じがいたします。突っ込まれた瞬間に攻撃された！仲間を守れ！戦いだ！な姿勢なままではどーにもって事ですが
その前に、基本的な確認作業って誰するの？って感じではないでしょうか

「追加」
ファンサポーターが揉める原因の1つで誰を支持するかのタイプもメモ的に記しておく

クラブが大事！と言っててもイロイロ分かれる
まずはクラブフロント、オーナーや経営陣の判断や経営指針を支持する派と反対する派に別れやすいその中でも
オーナー
社長
GM
がいて
オーナーや社長はあれやけどGMは支持とかGMもあかんわとか
そしてフロントに対して強化部いわゆる現場派支持派な方々
監督・コーチ陣に対してフロントあかんけど現場は間違ってない応援や派やフロントちゃんとしてんのに現場何やってんねん監督交代、現場コントロール出来へんＧＭも辞めろ!とか
あと面倒くさいというかヤバい反応おおいのが選手絶対派
これはもう選手可哀想で全てに対して敵意むき出し、攻撃的な言動行動しでかす人が現れやすいねん。で、突っ込まれたら私は悪くない選手の為に頑張ってんねん的な方向で周りからも似たような属性な方々が現れ、あなたは悪くない援護で混沌とすんねん。
あと
みんなアタマ悪すぎー俺様の言うこと聞いてればええねん！間違いない！だからファンサポの訴え全部聞け！的な人も現れるけどこれは全体的にドン引きされるバターんかも
…
こういった感じで
なんとなくの好き嫌いベースな派閥が生まれファンサポ間での意見対立もすぐ生まれる。そして思い込みベースなんで話し合いもできずそれぞれ思い込みが強いほど反対派に対してやらかしてしまう。
界隈でザワザワするのはこういう事って感じかな？
いかがでしょうか？
少しは解像度あがりましたか？
やで