これはアバター軽量化の過程で発生した問題です。私の環境依存の問題である可能性が高いです。二つともとても優れたツールであることは間違いないです。
仮にこの問題が発生してもマテリアルを再指定すれば良いだけの話なのですが、私のような初心者はどう対応していいかがすぐに分からない場合もあるので、こちらに記録しておきます。
当初AAO Trace And OptimizeとNDMF Mantis LOD Editor同時使用時に起きると思い込んでいたのですが切り分けていくとどうも状況が違うことが分かりました。現在調査中ですが、一度公開してしまったため随時更新していこうと思います。

問題点

Unityにてアバターをビルドするとマテリアルが欠損する現象が発生する。

原因(と思われるもの)

MaterialsのElementが「_preview」となっている。(なぜこのようになるかは調査中)

回避策

マテリアルとして適切なものを再度指定する。

問題発生環境

Unity 2022.3.6f1
AAO: AvatarOptimizer 1.6.7
NDMF Manitis LOD Editor 0.5.0
VRChat SDK - Base 3.5.1
VRChat SDK - Avatars 3.5.1
Modular Avatar 1.9.4
使用アバター： Andi

問題再現手順

１．アバターの体を選択し、NDMF Mantis LOD EditorでQualityを調整する

BlendShapesで見えない部分は最小限に絞っています。

２．アバターにAAO Trace And Optimizeを追加し、「面積がゼロのポリゴンを自動的に削除する」のチェックを入れる

３．Build ＆ TestをクリックするとアバターのMaterialが削除されてしまう