第一話「ポコチン事件だ！局部くん登場の巻」続発するポコチン事件。事態を重く見た警視庁は、日本唯一のペニス探偵・局部くんに強力を仰ぐことにした。第一の敵は、猛毒ポコチン・まむしの辰だ。戦え局部くん！
第二話「死を呼ぶ陰茎大露出！の巻」陰茎を露出する衝撃波で人間を殺す殺人ポコチン事件が発生。捜査に乗り出した局部くんが見たものは…社会の底辺に生きる男達の哀愁だった。
第三話「うまい！本場ドイツのソーセージの巻」局部くんにドイツソーセージの差し入れが。うまい！だがそれはネオナチの罠だった。
第四話「死の刃！局部くん絶体絶命の巻」ネオナチの罠によりギロチンでポコチンを切断されそうになる局部くん。ペニス忍法・鉄のポコチンにより難を逃れた。甲賀忍者だったのだ。
第五話「男意気！トラック野郎の贈り物の巻」子供たちのために命をかけて本場の松茸を輸送するトラック野郎の男意気に局部くん号泣！
第六話「ディックデス！アメリカからの挑戦者の巻」日本のペニス事件がアメリカ経済に与える悪影響を憂慮し、アメリカ政府は日本にディック探偵ミスター・ジョンソンを派遣。日米ペニス対決。
第七話「太巻一丁！寿司職人も命がけの巻」日本のスシを所望するミスター・ジョンソンは築地スシツアーへ。その欧米人ならではの横柄な態度にスシ職人の怒りが爆発！太巻処刑を断行！国境を超えた友情…急げ局部くん！
第八話「海底からの挑戦状の巻」海底人が三浦半島に上陸。「地球は地上人類だけのものではない！」政府は自衛隊の新型爆弾で海底人類の一掃を計画するが…海底中年との友情を守るため、走れ局部くん！
第九話「大ピンチ！かえる食べ食べくんただいま参上！の巻」海底人類の裏切りにより局部くんは十字架にはりつけにされ、ミスタージョンソンは股関節を脱臼して病院送りに。絶体絶命！その時…「ぼく、かえる食べ食べくん！」伝説の男が現れた！
第十話「アブに刺されて病院送りの巻」食べられる野草を探して野山を探索中、陰部をアブに刺されて病院送りに。
第11話「アイドル危機一髪！そのチンポコに手を出すな！の巻」かつてアイドルデビューした一人の男もいまや落ちぶれて中年男性失業者に。空腹のあまり、公衆便所で隣の男性のチンポをフランクフルトと間違えて思わず食らいついてしまう…だがそこは上野駅１３番線ホームだった！走れ局部くん！
第12話「極限露出！やりすぎたハッテン行為の巻」日課のハッテン行為中つい調子に乗って商店街に全裸で踊り出てしまった局部くん。マスコミの報道に立ち向かえ！
第13話「いいえそれは厚揚げですの巻」日課のハッテン行為の帰りに、つい陰嚢をしまい忘れてコンビニに行ってしまい通報される局部くん。それは今買ったおでんの厚揚げですという苦しい言い訳も通じず…走れ！局部くん！
第14話「人間凶器！マッドペニスを出す男！の巻」黒社会は局部くんへの刺客としてマッドペニスを差し向けた。危うし局部くん！
第15話「残酷！局部くん死刑！の巻」ペニス勝負に破れた局部くんに死刑執行の時が迫る。頼みの綱のミスター・ジョンソンは男子中学生にフェラチオを強要して強制送還に。絶体絶命！
第16話「よみがえれ！切断された例のアレの巻」チンポ切断の刑に処された局部くんはユムシを身代わりにして難を逃れた。戦いに勝つため、柔道場で猛特訓を開始する。そのころハッテン場は地獄絵図に…急げ！局部くん！
第17話「チャレンジ！タコの踊り食いの巻」酔った勢いでタコの踊り食いにチャレンジ！生きたタコが喉に詰まって絶体絶命のピンチに。走れ！救急車！
第18話「大自然の復讐！昆虫達の雄叫びの巻」丹沢で日本には存在しないはずのヒヨケムシが大発生。それは人類に駆除され続けてきた昆虫の怨念が中東から呼び寄せたものだったのだ。
第19話「ハッテン行為！ペニスの十字架の巻」久々のハッテン行為に意気込む局部くん。ハッテン大会だ！だが、官憲の魔の手が…守れ！駒込ケンコーセンター！叫べ局部くん！
第20話「川からキックボクシング小僧がやってきたの巻」鶴見川から出現し人間を殴り倒す謎のキックボクシング小僧。それは公害によって突然変異した河童だった。種族を超えた友情を引き裂く一発の銃弾！
第21話「止めろ！無限ションベンの恐怖の巻」ションベン魔が現れトレッサ横浜は水没の危機に。ポコチンが四次元に通じている特異体質の持ち主なのだ。局部くんは石灰を利用して戦いに挑むが…
第22話「脱糞！忍耐の限界突破！の巻」派遣の仕事に向かう電車の中、極限の猛便意に耐えられなくなった一人の中年男性は…
第23話「もぎとられた手足の巻」ポコチン犯罪結社の策略により捕獲された局部くんは牛裂きの刑に。手足がバラバラになるも、それは陰茎を高速で膨張させることで発生した空気の歪みによる蜃気楼だった。ペニス忍法だ！局部くんの逆襲が始まる！
第24話「焼き鳥勝負！大吉店長の怒りの巻」ポコチン犯罪結社の嫌がらせにより経営難に陥った大吉店長に助けを求められた局部くんは、店を賭けた焼き鳥勝負に挑むことに。勝負の鍵は…伝説のレバー！
第25話「海坊主」震災のダメージで閉店した居酒屋海坊主の跡地近辺に海坊主が出現するという報告を受け捜査を開始した局部くんの前に現れたのは…アブドーラ・小林さんの残留思念が実体化したものだった。大橋篤の協力を得て事件解決に挑む。走れ局部くん！
第26話「さらば局部くん・就職祝いは男の拳の巻」すき屋のキッチンに就職が決定し、ペニス探偵廃業を決意した局部くん。ミスタージョンソン、かえる食べ食べくん、大橋篤などがお祝いに駆けつける。そこに男子高校の修学旅行バスが暗黒ハッテン同盟にジャックされたというニュースが！最後の戦いだ！