インボイス制度は適格請求書の導入による取引が開始されることである。
この適格請求書がなければ、本則課税の課税事業者は消費税の仕入税額控除を行うことができない。
これを発行できるのはインボイスの登録番号の交付を受けた課税事業者に限られる。
つまり仕入先が免税事業者だった場合、受け取る請求書にはインボイス番号が付与されていないことから、免税事業者からの仕入については控除を受けることができない。
よって課税事業者は当該免税事業者と取引を続けていくか、消費税分の値下げを要求するか等、負担を被らないようにする必要がある。

上記の通り、免税事業者はインボイス登録しなければ課税事業者から取引を切られるもしくは値下げ要求をされる可能性がある。
しかしインボイスに登録すれば自動的に課税事業者になり納税義務が発生することから、手取額が減少する。
どちらにせよ、インボイス制度の導入によって免税事業者は現在の手取額が減少することがほぼ確定しているようなものである。

ただ例外はある。
売上先が簡易課税を選択している課税事業者であるならインボイスの保存が必要ないため影響はない。また、介護サービスのようなそもそも課税売上のない業種については消費税を受け取っていないことからインボイス制度による影響は少ない。