東京は、老舗で有名なお店は、たくさんあるんですが。
私にとっての、好きな場所を選びました。お役に立てば光栄です。

＜渋谷＞
■名曲喫茶ライオン

一人で過ごすための場所。私語禁止です。
木造三階建ての、古い学校の校舎のような建物で、昔からある場所。
スピーカーに向かって一方向に並べられた椅子は、それぞれの個室のような趣。
東京で、ずっとあり続けて欲しいお店一位。
http://lion.main.jp/info/infomation.htm

■珈琲店トップ

渋谷近辺に数店舗あるトップ、使いやすさでは抜群です。
他の席と離れているし、会話をするにも考え事をするにも居心地がいいです。
牡蠣トーストおすすめです。去年までは煙草喫えましたけど、今は禁煙なのかな。
https://tabelog.com/tokyo/A1303/A130301/13078829/

■トウキョウサロナードカフェ・Dub

使い勝手が素晴らしいDub。
コーヒー一杯ですこし時間を潰すにも、空腹な時にも、友達と喋るにも、飲み会の帰りにも、デートに使うにも、万全です。
店内は広くてセンスがいいし、誰を誘っても恥ずかしくないくらいにオシャレ。
食事メニューは凝っていて美味しいし、お酒も揃っているし、デザートも美味しい。
友人と話し込んで、飲み物がなくなると頼み、小腹が空いたら頼み、を繰り返して、最長6時間過ぎていたことがありました。
非常階段への扉を開けると灰皿が置いてあり、気兼ねなく煙草を喫えるところもありがたいです。
https://tabelog.com/tokyo/A1303/A130301/13007273/

■エマラウンジ

上記Dubの近くの同系列店舗。店内は広くて薄暗くて、オシャレです。
居心地がよく、食事も、デザートも、飲み物も満点。喫煙所もあります。
Dubが混んでいたらこちらに向かいます。
（Dubとエマラウンジの系列の、今はもうない「コンシールカフェ桜が丘店」に、数年前は本当に毎日暑い日も寒い日も雨の日も、ランチを食べに通っていました）
https://tabelog.com/tokyo/A1303/A130301/13042822/

＜表参道＞
■Nid Café

90年代にカフェブーム勃興を担った名店の一つが恵比寿の屋根裏にあったneuf caféなのですが、その系列のうち一店。
代官山や渋谷に系列のお店がいくつかあって、どこも素晴らしかったのですけど、当時から残っているのはここくらいだと思います。
（渋谷の東急ハンズの向こう側に「サントランヌフ1-3-9」という店名で一軒ありますね。）
Nid caféの何が素晴らしいかと言うと、映画の中で見るような「非日常」が現出しているという点です。
表通りから見るとわからない場所で、花屋の奥のエレベータを上がり、店内に入ると、空が大きく開かれた空間に続きます。東京タワーや夜景が見える静かな空。
古いビルの一角に、こんなに素敵な場所があるとはという驚きと、この場所で供されるビストロ料理のレベルの高さがすごいのです。
もちろんコーヒー一杯で過ごしてもいいし、甘いものを注文しても正解です。
店内の佇まいの美しさがすごい。一人でも、友達とでも、デートでも最適。
https://tabelog.com/tokyo/A1306/A130602/13005336/

※追記です。
Nid cafe、4月末で閉店とのことアナウンスがありました。
素晴らしい場所なので、機会があれば、それまでにぜひ。

■キルフェボン　青山

喫茶店っていうか。ご存じキルフェボン。最高のケーキです。
青山店はイートインできるから喫茶店扱いしてしまおう。
強い気持ちでケーキを食べるためだけに来る場所です。
https://www.quil-fait-bon.com/

■蔦珈琲店

青山学院の脇の道（表参道側）を入った左手にある一軒家の珈琲店。
右手の壁が一面のガラス張りで、手入れされた美しいお庭を望むことができます。
お庭正面の4人掛けの席は特等席。
奥にはカウンターや二人用の席もあり、そちらは読書や考え事などが捗ります。
クロックムッシュの一皿が最高なので、小腹が空いていたらぜひ。
http://tsutacoffee.html.xdomain.jp/

■PARIYA　青山

食事しかしたことないんですけど、ケーキもジェラートもあるので喫茶使いしてもいいんだと思う。コーヒーのみはNGかも？
でも、行くと絶対ご飯食べたくなるんです。
渋谷で「野菜がたくさん食べれる食事がしたい」と思ったら、迷わずここ。
青山学院大学の向かいの奥あたりにあります。
http://pariya.jp/

＜原宿＞
■アンセーニュダングル　原宿店

長いこと場所が分からず、名前だけ知っているお店だったのですが、去年あたりに、近くを通りかかった時、ようやく辿り着けました。
雨の降っている日に訪れたのですが、冷たい雨の湿度がとても相応しかったことを憶えています。
白い漆喰の壁と、大きな木製のテーブル。きちんとしたアンティークな店内。
一人で考え事をするにも、友人と小さな声で談笑するにもいいお店です。
https://tabelog.com/tokyo/A1306/A130601/13007015/

■クリスティ

大学に通っていた頃から、原宿に来ると寄っていたお店です。
竹下通りを入って一つ目の角を右折した左手。
紅茶専門店というだけあって、ポットでなみなみと供してくれるのがありがたい。
ここはケーキが手作りで美味しいのです。スコーンもとても美味しい。
スコーンが食べたくなると、ここのことを思い出します。
https://www.harajuku-christie.com/

＜新宿＞
■但馬屋珈琲店

困った時の但馬屋珈琲店。新宿西口すぐにあります。
落ち着いていて、考え事にも、談笑するにもありがたい場所。
新宿西口のお店は店内で煙草が喫えるのも、個人的にはありがたい点。
https://tajimaya-coffeeten.com/

＜早稲田＞
■café GOTO

地下鉄早稲田駅のすぐ上の建物の2階にある喫茶店。
文学部の女子学生がケーキを食べに来ていたことを憶えています。
ここのケーキが手作りで、大振りで、美味しかったので、私もよく行きました。
考え事をするにも、談笑するにもいい場所です。
雨の降る日に、傘を持っておらず、大学構内を早歩きしていたら、知らない女の子が後ろから傘を差しだしてくれたということがあるのですが、その後、ここでケーキを食べに誘いました。
https://tabelog.com/tokyo/A1305/A130504/13006171/

＜池袋＞
■タカセ　池袋本店

池袋と言えばタカセ！！
1階のパン屋も、2階の喫茶室も、3階の洋食屋も、9階のティーラウンジも全部好きです！！
パンはヨモギの食パンかスイートブレッドを毎回買います。
https://takase-yogashi.com/

■伯爵　池袋北口店

以前、24時間営業をしていたのですが、今は23時までになってるんですね。
ゴージャスで、席が広くて、居心地悪くなく、ゆっくり過ごせるのはありがたいこと。
24時間営業をしていた頃に、この店で、夜中3時開始のライブイベントの開店待ちをしたことがあります。青春の記憶。
池袋は、「伯爵があるから大丈夫」と思っています。
https://tabelog.com/tokyo/A1305/A130501/13022885/

＜目白＞
■アコリット

何年か前までひっそりした素敵なお店だったのですが、急に人気が出て、インスタ映えの聖地として大人気になってしまいました。
ケーキが随一。都内で一番美味しいんじゃないかと思います。デパ地下なども含めて。
パラの花びらを使ったシフォンケーキや、タルトなど、クリームもスポンジもすごく美味しいです。
以前は一人で考え事にも向いてたんですが、人が多くなったので、友達とお茶する状況でお邪魔するようになりました。
https://www.acorite.com/

＜高円寺＞
■七ツ森

店名は宮沢賢治の童話からだそうです。岩手・雫石あたりの地名なのですね。
ここを最初に知ったのは、大槻ケンヂのエッセイだったような気が。
和風の落ち着いた木造建築風の室内に、赤い別珍ソファで居心地がいいです。
ごはんもデザートも全部美味しいです。
和風オムライスの「オムごはん」が絶品なので、ぜひ。卵に山椒もかけて。
https://www.chuo-besthome.co.jp/local/nanatumori/

■Yonchome cafe

駅の南側のロータリーの反対側にある大きめのカフェ。
一人で過ごすにも、友人と談笑するにも居心地がすごくいいです。
店内が広めで、珈琲のカップも大きいので、焦らずに過ごせるのも理由かもしれない。
食事メニューもお酒もたくさんあって、完璧です。頼もしい。
https://tabelog.com/tokyo/A1319/A131904/13017412/

＜阿佐ヶ谷＞
■Gion

阿佐ヶ谷駅北側に出て、高円寺方面に道を渡ったすぐにある喫茶店。
小さめの店内に席がギュッとあり、混んでいることが多いのでゆっくりできるという感じではないのですが、いいお店には違いありません。
ブランコの席がありますが、だいたい先客で埋まっています。
ウェイトレスの女の子の制服がかわいい。
ナポリタンがしっかり炒めてあって美味しい。好きです。
知らなかったんですが、午前2時までお店を開けてるんですね。
阿佐ヶ谷の人が羨ましい。
https://tabelog.com/tokyo/A1319/A131905/13011879/

＜西荻窪＞
■こけしや

西荻窪駅前にある老舗洋食屋・こけしやの喫茶室も好きです。
喫茶室が好きというより、ここのケーキ・サヴァランが好きだというだけかもしれません。
ラム酒の効いたシロップでパン生地を浸し、カスタードと生クリームを乗せたデザートですが、いろんなお店で食べて回った結果、私はこけしやのが一番好きです。
一つ240円というのも奇跡。サヴァラン好きな方は、絶対食べたほうがいいです。
1階のショップで販売している「こけし屋サブレ」という薄めのクッキーも奇跡みたいに美味しい。東京土産はこれでいいと思います。
http://www.kokeshiya.com/

＜吉祥寺＞
■くぐつ草

18歳当時、コーヒー飲めなかった私が、コーヒー飲めるようになったのは、私大受験で訪れていた東京で、受験前日に来たここで、ストロングの珈琲を飲んだからでした。
それまで、インスタントコーヒーや缶コーヒーしか飲んだことがなかったのですが、「こういう飲み物だったのか」と驚いたことを憶えています。
商店会のアーケードの一角に地下に入る階段があり、その先にある洞窟のような喫茶室で、大学生の頃、友人たちとジブリ美術館の帰りに寄った時、「ジブリ美術館よりも、ジブリの世界観だね」と言われたことが印象に残っている場所です。
カレーがとても美味しいので、ぜひ。
土日は混んでいることが多い印象です。さすがの有名店。
http://www.kugutsusou.info/

■ゆりあぺむぺる

吉祥寺公園口を出て、右手に進んだところにある喫茶店。
近くにある老舗ライブハウス「曼荼羅」系列の喫茶店。アンティークで素敵です。
クリームソーダが10色くらいから選べます。
コーヒーもケーキも、食事も、何を頼んでも美味しい。
遅くまでやっているし、吉祥寺で困ったときはゆりあぺむぺるです。（経験則）
混んでいても、お店が広いので案外入れてもらえます。
https://tabelog.com/tokyo/A1320/A132001/13016021/

■まざあぐうす

ちゃんとしたご飯が食べたいと思ったらここ。
そういえば最近はお茶というより、食事をする時ばかりお邪魔している気がします。
今、食べログ見てみると、「老舗洋食レストラン」と書いてあって、それも違うんじゃ？とも思いましたが。
ドリア、グラタン、ピラフ、スパゲッティから選べるセットが、1380円で、サラダと飲み物、デザートまで付いてきて、とても美味しいので、こればかりです。
あとカラフェで提供になる果物を漬け込んだ自家製のサングリアが絶品。ここで深酒を何度かしました。
https://tabelog.com/tokyo/A1320/A132001/13015908/

＜井の頭公園＞
■炭火珈琲千

井の頭公園駅を出て正面の角の2階にあります。
小さなお店で、奥様が一人で丁寧にやっている感じ。
春は公園の桜が見下ろせると思うのですが、混んでそう。
人の少ないタイミング（大雨の日とか）を見計らって、静かな店内で小説を読みたいお店です。
https://tabelog.com/tokyo/A1320/A132001/13076445/

■トムネコゴ

一人で過ごすための場所。
緩やかに会話禁止なので、複数人には向きません。
各自、無言で本を読む感じになります。
時間が蓄積した古民家のような室内に、アンティークの道具が置いてあります。
「集中して何かをやりたい」「家ではできない」という時の駆け込み寺です。
気合を入れて本を読むとか、小説の題材考えるとか。
煮詰まると毎週くらい行きます。
https://tabelog.com/tokyo/A1320/A132001/13146881/

＜久我山＞
■珈琲杖

個人的な駆け込み寺その2です。
西荻窪駅からも久我山駅からもしばらく歩く住宅街の中にあるお店。
初見ではGoogleMapがないと辿り着けないと思います。
ここも一人のためのお店。電気スタンドのある各自の机で、思索や読書に没入する場所です。
先日、ここで20ページ分くらいのネタ出しをしたとき、低血糖でフラフラしたのですが、その時に頼んでいたホワイトチョコのチーズケーキが本当に美味しかったです。
https://tabelog.com/tokyo/A1318/A131806/13203592/

■カフェ・デ・マエストロ

久我山駅近くにある古くからの喫茶店。シックで静かながら、居心地が良い不思議な場所です。
適度に席が離れているので、他のお客さんを気にせずにいられるのがありがたい。
一人で過ごすにも、友人と談笑するにもいい場所です。
https://tabelog.com/tokyo/A1318/A131806/13136720/

＜下北沢＞
■トロワシャンブル

漆喰の壁と、木のテーブル。アンティークで穏やかな店内。
いつも混んでいるけれど、うるさいと感じたことはありません。
シナモントーストがおすすめです。私はニレブレンド派。
https://tabelog.com/tokyo/A1318/A131802/13013091/

＜国立＞
■ロージナ茶房

国立の老舗の名店といえばここ。
古い映画の中の場所のような、70年代のロマンチックな気配の場所です。
しかしご飯ものが、どれを頼んでもめちゃくちゃ多いので、二人でシェア前提で行ったほうがいいです。すごく美味しいんですが。カレーが有名みたいですね。私はタコライスばかり頼んでしまいます。
https://tabelog.com/tokyo/A1325/A132503/13016337/

＜八王子＞
■パペルブルグ

場所が場所だけに（電車とバスを乗り継がないと行けない場所）、なかなか足が延ばせないのですが、誕生日だとか、特別なタイミングには寄りたいお店。
西洋風の立派な一軒家で、手の込んだお料理とお茶がいただけます。
中世ドイツの気配のする空間だけでも見に行く価値があります。本当に素敵。
もう少し行きやすければ。でも小旅行くらいの非日常は十分に味わえます。
https://pappelburg.com/

＜五反田＞
■トゥジュールデビュテ

五反田の駅近く、線路沿いの地下にひっそりとある完璧な場所です。
https://tabelog.com/tokyo/A1316/A131603/13059498/

＜三宿＞
■GLOBE

ヨーロッパのアンティーク家具を取り扱っている家具店の一角がカフェになっています。
サイトのギャラリーを見てもらえばわかると思うのですが、お城みたいなハリーポッターみたいな世界観です。最高。
ときめいた人は行く価値ありだと思います。
http://www.globe-antiques.com/
※すみません、2020年9月で飲食サービス中止と書いてある…
でもせっかく書いたので残しておきます。

＜三軒茶屋＞
■セブン

古くからある喫茶店。居心地がとてもいいです。
ごはんメニューも充実。この場所に来た日は絶対いい日になるような場所。
https://tabelog.com/tokyo/A1317/A131706/13025723/

■レインオンザルーフ

渋谷で紹介した「Dub」「エマラウンジ」と同系列のカフェ。
ここの系列のお店は、どこも居心地が良くて信頼できると思い、足を延ばしました。
分かりにくい場所の二階に位置したこのお店は、ぽっかりと開いた空間で、いいお店でした。
一人で過ごすにも、友達と談笑するにも向いていると思います。
https://tabelog.com/tokyo/A1317/A131706/13037998/

＜上野毛＞
■ママタルト

昔、代官山に一軒家のお店があった頃から好きでした。
しっかり焼いた大きめのアメリカンパイやタルトが食べたくなると、時々足を運びます。
喫茶店というより、イートインという感じではありますが。
https://tabelog.com/tokyo/A1317/A131715/13165115/

＜尾山台＞
■オーボンヴュータン

押しも押されぬザ・名店オーボンヴュータンです。
デパ地下にも入っていたりしますが、尾山台のお店が最高すぎて、イートインでもいただけるので、ここも書いておきます。
洋菓子が好きな方は、足を運んでいいと思います。
おすすめは店名を冠したケーキ「オーボンヴュータン」。お酒は強いですが最高に美味しいです。
シャルキュトリーも扱っており、ソーセージなども絶品です。
https://aubonvieuxtemps.jp/
※現在イートイン休止中と書いてありますね…

＜その他、思いついたら追加します＞