雇用契約を締結すると、企業には2種類の義務が生じます。

A　この国（行政）　に対する義務 【刑事】
B　その人（労働者）に対する義務 【民事】

残業を例にとりますと、次のとおりです。

A　法令に反する残業をさせれば、それは違法であり、行政からは指導を・司法からは罰を科されることとなり得ます。
B　契約に反して残業代を支払わなければ、それは債務不履行であり、労働者からは債務の履行（損害賠償）を求められることとなり得ます。
　
つまり、下記のような事例は片手落ちといえます。

・残業代は支払うのだが、違法な残業時間である。【刑事　違法残業】
・残業としては適法だが、残業代は未払いである。【民事　賃金未払い】

国と人、どちらに対する義務もないがしろにはできません。

補足
賃金未払いは、賃金支払いの5原則違反として【刑事】にもなり得ます。