あらすじ

アフリカのワカンダで生物兵器強奪を狙ったテロが発生し、「キャプテン・アメリカ」＝スティーブ・ロジャースは仲間のブラックウィドウ(ナターシャ・ロマノフ)、ファルコン（サム・ウィルソン）、スカーレットウィッチ(ワンダ・マキシモフ)とともに鎮圧のため出撃する。
アベンジャーズに追いつめられたテロ首謀者クロスボーンズ（ラムロウ）はスティーヴを道連れに自爆を図り、それを阻止しようとしたワンダはラムロウを付近のビルに叩き付けたことで市民に爆死者を出してしまう。
アベンジャーズはこの件で国際社会からの批判を浴び、スティーブ、ワンダは自身の活動が犠牲を出すことに悩む。
一方で「アイアンマン」ことトニー・スタークも、ソコヴィアでの戦闘の犠牲者の母親から叱責され、ウルトロン計画の失敗を強く後悔する。
常人を超えた能力を持つヒーローやスパイたちによって結成されたアベンジャーズは、これまでに数々の危機から世界を救ってきたが、それに伴って発生する人的・物的被害もまた甚大な規模となっていた。
世界はこの状況を危惧し、国際的な政府組織の管理下にアベンジャーズを置き、組織の許可なしでの活動を禁止する「ソコヴィア協定」の作成を決断する。
米国務長官サディアス・ロスはアベンジャーズメンバーにソコヴィア協定への署名を求めた。
トニーはウルトロン計画の後悔から即座に署名する。ウォーマシン（ジェームズ・ローズ）、ヴィジョン、ナターシャも署名したが、スティーブは「個人の行いは個人で責任を持つべき」という信念から、協定に強く反対し、サム、ワンダもそれに同調する姿勢を示す。
そんな時、かつてスティーブと交友があったペギー・カーターが老衰で死去。その葬式に出席したスティーヴとサムの前にエージェント13が現れ、実は彼女はペギーの姪であるシャロン・カーターであることが判明する。
オーストリア、ウィーンにてソコヴィア協定の署名式が執り行われることになり、そこにナターシャも出席する。署名式にはワカンダ王国の国王であるティ・チャカと、その息子である同国の王子ティ・チャラも出席していた。ティ・チャカが演説を行っている最中、爆破テロが起き、ティ・チャカは死亡してしまう。監視カメラには、ロジャースの旧友である「ウィンター・ソルジャー」ことバッキー・バーンズらしき男が映っていた。バッキーは犯人として指名手配され、即時射殺の許可も下りる。スティーブはドイツに潜伏中のバッキーに接触し、彼が爆破テロに関わっていないことを知る。だがそこを急襲したドイツ警察特殊部隊や、父の仇討ちに来た「ブラック・パンサー」＝ティ・チャラと激しい追跡戦になる。そして駆け付けた「ウォーマシンMk3」＝ローズによって戦闘は中断。スティーブとサムは装備を没収され、バッキーは特殊施設に収監される。
特殊施設を訪れたトニーは再びスティーブにソコヴィア協定への署名を求めるが、スティーブはトニーがワンダを軟禁していることを知って拒絶する。 一方でバッキーは精神鑑定を受けていたが、鑑定中に何者かの工作により施設が停電。この隙に、鑑定医に成りすましていた人物(ジーモ)がバッキーを催眠術でウィンター・ソルジャーに戻し、施設内で暴れさせる。バッキーはトニー、ナターシャ、シャロン、ブラック・パンサーを退けてヘリで逃走を図るがスティーブに阻止され、ともに川に墜落。サムと共に3人で姿をくらませる。
サディアスは3人を指名手配し、トニーらに36時間以内にスティーヴらを捕まえるよう指示する。 トニーは新たな仲間として半年前より「スパイダーマン」として活動していた学生のピーター・パーカーに目をつけ、助っ人として引き入れることに成功する。
一方、廃工場に身をひそめている間に正気を取り戻したバッキーはスティーブとサムに、自分以外にウィンターソルジャーは5人存在し、その5人は嘗て自分がいたシベリアの施設に冷凍保存されていることを明かす。
ジーモはその5人を使って世界の混乱を狙っていると睨んだ3人は、その野望を阻止するべく仲間を集めてシベリアに向かおうとする。
シャロンの手引きで装備を手に入れた3人の元に、ヒーローを引退していたクリント・バートン、バートンに連れ出されたワンダ、そしてかつてサムと戦ったことがある「アントマン」ことスコット・ラングが合流し、空港で航空機を手に入れてシベリアに向かおうとする。
空港に駐機されたクインジェットを入手しようとするスティーブ一行だが、その眼前にアイアンマン、ウォーマシン、ナターシャ、ヴィジョン、ブラック・パンサー、スパイダーマンが阻止に現れる。
スティーブはジーモの計画の件を話すがトニーは聞く耳を持たず、空港で彼らは激突し、激しい戦いが繰り広げられる。スーパーヒーロー同士の戦いの裏で暗躍するバロン・ジーモの企みとは？衝撃の結末が待ち受ける。

感想など

ソコビアでの戦いの巻き添えを食って死んだ犠牲者の母親に直接責められたこともあって自らの活動が独善的なものにならないためにもアベンジャーズを国連の管理下に置こうとするアイアンマン、自らの責任で敵を決め活動するべきという意思とテロ事件の濡れ衣を着せられたバッキーを救うためアイアンマンと対立するキャプテン・アメリカ、アベンジャーズの存続とキャプテン・アメリカたち仲間を守るためあえてアイアンマンの側に立つブラックウィドウたちスーパーヒーローの葛藤と対立と友情を丁寧に描く熱いドラマ、冒頭のアベンジャーズとクロスボーンズや中盤のスーパーヒーロー同士のバトルそしてラストのアイアンマン対キャプテン・アメリカとバッキーのバトルのスーパーヒーローの見事なコンビ技(キャプテン・アメリカがバッキーと盾をパスしながらアイアンマンと戦うコンビ技、アントマンがホークアイの矢に乗って攻撃するコンビ技、など)が畳み掛けるように炸裂する大興奮バトルの連続、あまりに切ない結末、まさにマーベル・シネマティック・ユニバース最高傑作です。
これからのスパイダーマンやブラックパンサーの活躍が楽しみになる、活躍ぶりでした。
シリアスな展開の中にも、ヒーロー活動中の被害を起こした責任を感じたスカーレットウィッチを元気づけるために初めてヴィジョンが料理を作るシーン、キャプテン・アメリカとシャロンがいい感じになっているのをファルコンとバッキーが優しく見守るシーン、スパイダーマンやアントマンなどスーパーヒーローの軽快な軽口が、ちょうど良い箸休めになっていました。