砂漠に逃げ延びたジェシカとポールはハルコンネン家に憎悪を抱くフレメンと共闘しようと近づく。

必然的にポールたちとフレメンは出会う。

かつてベネ・ゲセリットが残した予言の通りに、二人がフレメンに受け入れられるまでの物語。

生き延びるためにはフレメンと共に生活しなければならない。

しかし、その道は悲惨で陰鬱な聖戦へと繋がっている。

民族が戦争で勝利を手に入れるために自らの身体を賭す。

大量の死が未来に待ち構えていることを、芽生え始めた予知能力で察知するポール。

その道からズレようと苦闘するも未だ果たせない。

ポールが運命に抗っている最中、宿敵のハルコンネン家は、次期男爵のフェイド＝ラウサが動き出し、さらにハルコンネンはアトレイデス家のメンタートであったスフィル・ハワトを裏切らせて自らの手駒にしていた。

物語が結末へと向かって加速する。