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RDP classifierで微生物叢の解析を行う
2017年から2018年にかけて、メタバーコーディングによる土壌微生物叢の解析を行なっていたときに使っていたRDP classifierの使い方についてのメモ。
RDP classifierは、ある微生物叢の階層を視覚的に表現するのには向いているが、複数の微生物叢の構成を比較したい場合にはQiimeの方が向いているので、大量のサンプルを解析するようになってからは使わなくなった。
また、COPEr
Python 3を使おう
MacOSでは元々デフォルトでPython 2がインストールされているが、新しいバージョンのPython 3を使うほうが便利。
例えば、Python 2（MacOSのデフォルト）では、
3 / 2 = 1
Python 3では、
3 / 2 = 1.5
この四数計算の結果を見ても、デフォルトのままよりも、python 3をインストールして設定した方が使い勝手がよいのは明らか。
というわ
Rを使った主成分分析（2021年8月改訂）
最近、以前書いていた方法ではうまくできなかったので、2021年8月に改定しました。
2021年8月時点で、私のRのバージョンは R version 4.0.3 (2020-10-10) です。Bioconductorも下記サイトで再インストールしました。Bioconductor 3.13です。
https://bioconductor.org
> if (!requireNamespace("B
RNA Seq 解析
MiSeqデータのリファレンス配列へのマッピングと転写産物量の推定。
3年ほど前に行っていた古い方法だが、一応アップしておきます。
これからやる方は、マッピングにはHISAT2を使ってください。
注：javaがインストールされていること。
クォリティーチェック（FastQC）
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
MacのPowerPointファイルから高解像度のTiffファイルを出力
論文投稿の際の画像ファイル作成時に、PowerPointから300 dpiのtiffファイルを出力しようとして困ったので備忘録。
以前はPowerPointのメニューの「環境設定」から出力保存する画像ファイルの解像度を設定することができたが、現在はできなくなった。
そこで、今回行なった方法は、
1. PowerPointの「ファイル」→「プリント」を開いて、左下の「PDF」ボタンから「PDF
ggplot2で積み重ね棒グラフを描く
今回使用するRのパッケージは
reshape2
ggplot2
ggsci
scales
です。
パッケージがインストールされていない場合、メニューバーから「パッケージとデータ」>「パッケージインストーラ」で選択してインストールしてください。
まず、Rを起動します。
いつものように、作業ディレクトリを指定します。
> setwd("~/Desktop")> getwd()[1] "/Us
Rのggplot2でグラフを描く
以前にもRでグラフを描く例を紹介しましたが、今回はggplot2での作図を紹介したいと思います。
ggplot2のオフィシャルサイト
http://ggplot2.org/
今回は、ggplot2とreshape2のパッケージを利用しますので、まずこちらをダウンロードしておきましょう。
Rのメニューバーの「パッケージとデータ」>「パッケージインストーラ」もしくは下記コマンドでダウンロードしま
Qiime2を使った微生物叢の解析（その６）
サンプル中で観察されたOTUsの数
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diversity alpha --i-table table-20180220_Kazusa.qza --p-metric observed_otus --o-alpha-diversity observed_otus_vector.qza
observe
Qiime2を使った微生物叢の解析（その５）
Taxonomy解析
ここでは、silva-119-99-515-806-nb-classifier.qzaに対してTaxonomy解析を行う。
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier silva-119-99-515-806-nb
Qiime2を使った微生物叢の解析（その４）
α、ß多様性解析結果の可視化
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diversity alpha-group-significance --i-alpha-diversity core-metrics-7118-results/faith_pd_vector.qza --m-metadata-file 20180220_Kazus
Qiime2を使った微生物叢の解析（その３）
アライメントして系統樹を作成
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime alignment mafft --i-sequences rep-seqs-20180220_Kazusa.qza --o-alignment aligned-rep-seqs-20180220_Kazusa.qza
aligned-rep-seqs-20180