お店で売られている茶色いコーヒー豆は、焙煎した(焼かれた)状態で、元々は収穫されたコーヒーチェリーと呼ばれる果実から、コーヒー豆を取り出してコーヒー生豆として輸入されてきています。

この生豆を焼いていくことで、カラメル化と呼ばれる化学反応が起こり、お店で並んでいるような茶色いコーヒー豆になります。

そしてコーヒー生豆は農作物なので、現地でもしっかり選別はしてくれていますが、どうしても悪い豆が混じってきてしまいます。
(ごく稀に石や、トウモロコシ等の異物も)

そこで、実は多くのコーヒー自家焙煎店はハンドピック(ハンドソーティング)により、焙煎する前と焙煎した後に悪い豆をはじいて、より美味しく飲める状態にしています。
(大手さんだと選別用の機械を使っていたり、かなりの手間がかかるので価格重視であえてやっていないところも)

スーパー等で売っている安いコーヒー豆は、意外と割れ豆や欠け豆、色付きの悪い豆が混じっているので、豆を挽く前に取り除いてあげると雑味が軽減されて、飲みやすくなったりします。
小さな自家焙煎店で売られているコーヒー豆は高く感じるかもしれませんが、それなりに手間はかかっていますというお話でした。

コーヒーを飲む前に、豆を見てみるのも面白いかもしれません。