私も物理的な紙本より電子書籍を選ぶ派なのですが、紙媒体よりも電子書籍の便利ゆえの怖い構造が明らかになりました。

この投稿だと「私もKindle版を立ち上げて確認しましたが、確かに修正されていました」があいまいで、「最初から修正されていたようだが、今さら気づいた」なのか「以前購入したときには大丈夫だったのに、いつの間にか修正版に差し替えられていた」なのかがわかりません。

ですが、私も昔購入したKindleに「不具合修正版がリリースされましたが、置き換えますか？」みたいなアナウンスが出たのを体験したことがあります。
これは乱調や誤字などの修正が後から行えるということを意味します。
上記の攻殻機動隊の電子書籍が、後日修正版に置き換えられるということは十分に考えられます。

紙媒体だと初版を重視する傾向があります。
それはそれが出版された当時の空気感などが残った状態だからです。
電子書籍にその紙媒体の文化をそのまま持ち込むのは的外れかもしれませんが「この表現が気に入っていたのに！」と悔やむようなことは、やはりやってほしくないですね！