ベイエリアにも様々な日本人コミュニティがありますが、ここでは主に技術や研究に関するセミナーを開催しているコミュニティを紹介していきます。
他にも書き漏らしているコミュニティがあるはずなので、もしご存知であれば教えてください。

JSPS
言わずと知れた、日本学術振興会サンフランシスコ研究連絡センター。コミュニティではない。
年に二回、夏と冬に日本人研究者交流会を主催しています。

BJAN
UCBerkeleyの日本人研究者を中心とした集まりです。
毎月第三金曜日に日本語による発表会が催されています。

BAS
UCSF/UCDavisの日本人研究者を中心とした集まりです。
月に一回程度、生物学・医学に関するセミナーを開催しています。

LSJ
スタンフォード大学の医学･生物学を専門とする研究者と学生の集まりです。
1-2ヶ月に一回、日本語によるセミナーを行なっています。

JTPA
スタンフォード大学の日本人研究者やシリコンバレーで働く日本人技術者を中心とした集まりです。
数ヶ月に一度、ギークサロンを開催しています。

Silicon Valley Innovation Forum
シリコンバレーで働く実業家やビジネスマン、研究者を中心とした集まりです。
2ヶ月に一度程度、発表会を開催しています。

SVJEN:: Silicon Valley Japanese Entrepreneur Network
シリコンバレーの起業家、これから起業される方々、そして起業をサポートする方々をつなぐ組織です。2ヶ月に一度程度、ビジネス道場なる講演会を開催しています。

他、こちらのサイトでもいくつか紹介されているので参考にしてください。