https://www.mhlw.go.jp/content/001112500.pdf
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公衆浴場や旅館業の施設の共同浴室における男女の取扱いについて
公衆浴場や旅館業の施設の共同浴室については、「公衆浴場における衛生等管理要領等について」（平成 12 年 12 月 15 日付け生衛発第 1811 号厚生省生活衛生局長通知）の別添２「公衆浴場における衛生等管理要領」及び別添３「旅館業における衛生等管理要領」において、「おおむね７歳以上の男女を混浴させないこと」などと定めています。
これらの要領でいう男女とは、風紀の観点から混浴禁止を定めている趣旨から、身体的な特徴をもって判断するものであり、浴場業及び旅館業の営業者は、例えば、体は男性、心は女性の者が女湯に入らないようにする必要があるものと考えていますので、都道府県、保健所設置市及び特別区におかれては、御了知の上、貴管内の浴場業及び旅館業の営業者に対する周知や指導等について御配慮をお願いいたします。
なお、本通知は、地方自治法(昭和 22 年法律第 67 号)第 245 条の４第１項の規定に基づく技術的助言である旨申し添えます。

https://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/other-syokuhin.html
医薬・生活衛生局（生活衛生・食品安全） ｜厚生労働省

https://www.shugiin.go.jp/internet/itdb_kaigiroku.nsf/html/kaigiroku/000221120230428017.htm
第211回国会 内閣委員会 第17号（令和5年4月28日（金曜日））
○國重委員　トランスジェンダーの方であっても、心ではなくて身体的特徴で判断するというようなことだったと思います。
　では、共同浴場において、先ほど答弁いただいたとおり、風紀の観点から心の性ではなくて身体的特徴をもって男女を区別する、このような現在行われている取扱いというのは憲法十四条に照らしても差別に当たらないと、念のため確認しますが、差別に当たらないということで間違いないかどうか、答弁を求めます。
○伊佐副大臣　憲法十四条、いわゆる法の下の平等でありますが、この原則が規定されております。この趣旨としては、合理的な理由なしに区別をすることを禁止するという趣旨でございます。
　つまり、合理的と認められる範囲内の区別を否定するものではないというふうに理解をしておりまして、先ほど委員御指摘の、公衆浴場における入浴者については男女を身体的な特徴の性をもって判断するというこの取扱いは、風紀の観点から合理的な区別であるというふうに考えられております。憲法第十四条に照らしても差別に当たらないものというふうに考えております。