日本国内の一般的な法律が民法等であり、民法等ではうまく運用できない部分をカバーするために設けられているのが特許法・商標法等の特別法です。

このため、（弁理士試験対策を行っていると無視しがちですが）、原則は民法であり、例外が特許法・商標法です。

さて、商13条の2第5項・特65条6項では、民法724条で「被害者又はその法定代理人が損害及び加害者を知った時」とあるのは、「特許権の設定の登録の日」と読み替える、とされていますね。これが例外の具体的な規定です。

つまり、不法行為による損害賠償請求権の消滅時効（民法724条）についての規定は、
①原則：被害者又はその法定代理人が損害及び加害者を知った時から三年間行使しないときには、時効によって消滅する（民法724条1号）
②例外：商標権等の設定登録「前」に被害者又はその法定代理人が損害及び加害者を知った場合は、商標権等の設定登録日から三年間行使しないときには、時効によって消滅する（商13条の2第5項・特65条6項）
となります。

このため、商標権等の設定登録「後」に知った場合は、原則通り、民法724条が適用されます。

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