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¥100が欲しいんじゃなくて1日一杯のセブンカフェのコーヒーが飲みたい人 100円払わ…

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¥100が欲しいんじゃなくて1日一杯のセブンカフェのコーヒーが飲みたい人 100円払わなくてもほぼ読めるので、お布施だと思ってください 中の人を直接知ってる方は会ったときにでも社畜に研究の話聞かせてくれると喜びます

記事一覧

コラッツの問題で出てくる数字についてPythonで解析してみる

まず、コラッツの問題とはなんぞや。 とてもシンプルですね。任意の正の整数 nに対して、 1. n が偶数の場合、n を 2 で割る 2. n が奇数の場合、n に 3 をかけて 1…

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3か月前
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Pythonでパチもん画像を300枚作る

前回は見よう見まねで画像の合否を判定するコードを実装したものの精度が悪いので、元データを増やすべくちっさい部品を1枚1枚おいて写真を撮るのも面倒なので、パチもん画…

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7か月前
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画像学習の過程を可視化する

先日、ワッシャーみたいな部品の検査を目視でやっても、人によって良し悪し違うし、そもそもこれ部品の検査ではなく視力検査なのでは。。。? などと、末端の兵隊なりにい…

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7か月前
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PyhtonのRDKitを使って,DOBNAを作る

以前の記事で紹介した置換基スクリーニングを活用して,多環骨格を作れないかと思って色々と試行錯誤したので,その記録です。 まず,大前提のDOBNAってなあに?という方…

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8か月前
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GaussianのTDのlogの情報を使って放射速度定数を推定する

大したことはやってないのですが,使うパラメータとしては,振動子強度(双極子モーメント)と極大波長からEinsteinのA係数を計算することで,オーダーが一致するレベルで…

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9か月前

PyhtonのRDKitを使って,置換基をスクリーニングするDFTxTB計算用のinputを作る方法

PyhtonのRDKitのrdChemReactionsという模擬反応機能?を応用して,置換基をスクリーニングします。 反応の記述法は種々ブログやHPなどで紹介されているので割愛します。 …

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1年前

PythonでGaussianのTDのlogからsingletとtripletのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

前回の応用編ということでだいたいの構成は似てます。 #!/usr/bin/env python# coding: utf-8import sysimport osfrom os import chdirimport reimport argparseimport op…

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1年前
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PythonでGaussianのlogからHOMOとLUMOのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

アプリケーション化する都合でnumpyとか使わずに書いてたり,色々複雑になってます。 #!/usr/bin/env python# coding: utf-8import osfrom os import chdirimport sysimpo…

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2年前

ProgdynのLSF環境用の書き換えメモ

計算化学.comで紹介されているProgdynですが,SLURMジョブスケジューラーでの使用を前提に書かれているので,HPCシステムズなどから購入したクラスターマシンではLSFを使用…

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gviewエラー回避

MacOS Mojave以降でgviewの軌道を可視化する機能などが使えなくなるトラブルの回避策 1. アプリケーションからAutomatorを起動し,Automatorで新規ファイルを作成する 2. …

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2年前
コラッツの問題で出てくる数字についてPythonで解析してみる

コラッツの問題で出てくる数字についてPythonで解析してみる

まず、コラッツの問題とはなんぞや。

とてもシンプルですね。任意の正の整数 nに対して、
1. n が偶数の場合、n を 2 で割る
2. n が奇数の場合、n に 3 をかけて 1 を足す
この単純な操作で、どんな初期値でも必ず 1 に到達するんですね。

例えば、3→10→5→16→8→4→2→1となります。
これを見ただけでも勘のいい人なら、2の乗数になった時点で、確実に1に到達することや、

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Pythonでパチもん画像を300枚作る

Pythonでパチもん画像を300枚作る

前回は見よう見まねで画像の合否を判定するコードを実装したものの精度が悪いので、元データを増やすべくちっさい部品を1枚1枚おいて写真を撮るのも面倒なので、パチもん画像を300枚作って一気に増やすことにした。参考にしたのは、以下のサイト。

https://keras.io/examples/generative/conditional_gan/

まずは、元なるデータセットを作るため、
keras.

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画像学習の過程を可視化する

画像学習の過程を可視化する

先日、ワッシャーみたいな部品の検査を目視でやっても、人によって良し悪し違うし、そもそもこれ部品の検査ではなく視力検査なのでは。。。?
などと、末端の兵隊なりにいろいろと思うところがあったので、文句たれててもしゃーねーし、いい方法探すかと思って、いい方法探したら、ありました。

しかも日本語で。

自分の場合は、自動化起案したら早々にリジェクトされたので、自分だけでも楽をできたらいいやと思って、上の

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PyhtonのRDKitを使って,DOBNAを作る

PyhtonのRDKitを使って,DOBNAを作る

以前の記事で紹介した置換基スクリーニングを活用して,多環骨格を作れないかと思って色々と試行錯誤したので,その記録です。

まず,大前提のDOBNAってなあに?という方のために,一応論文を貼っておきます。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201506335

当初イメージした工程は以下の通り。
1. フェニルエーテルを作る。
2. ホ

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GaussianのTDのlogの情報を使って放射速度定数を推定する

GaussianのTDのlogの情報を使って放射速度定数を推定する

大したことはやってないのですが,使うパラメータとしては,振動子強度(双極子モーメント)と極大波長からEinsteinのA係数を計算することで,オーダーが一致するレベルで放射速度定数を推定できます。

オーダーしか一致しない原因はいくつかあります。
一つは計算リソースの問題で,計算レベルを下げたり,励起状態計算をサボっていること。発光側なので,S1の構造最適化を高いレベル(ωB97とかcc-pVTZ

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PyhtonのRDKitを使って,置換基をスクリーニングするDFTxTB計算用のinputを作る方法

PyhtonのRDKitを使って,置換基をスクリーニングするDFTxTB計算用のinputを作る方法

PyhtonのRDKitのrdChemReactionsという模擬反応機能?を応用して,置換基をスクリーニングします。
反応の記述法は種々ブログやHPなどで紹介されているので割愛します。

例えば,ピロールの置換基をスクリーニングしたいときに,いきなり全通りやってもいいのですが,一旦臭素化して重複する可能性のある置換位置を消すやり方が,種々ブログやHPなどで紹介されています。
以下,順を追って説明

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PythonでGaussianのTDのlogからsingletとtripletのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

PythonでGaussianのTDのlogからsingletとtripletのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

前回の応用編ということでだいたいの構成は似てます。

#!/usr/bin/env python# coding: utf-8import sysimport osfrom os import chdirimport reimport argparseimport openpyxlfrom openpyxl.styles import numbersimport openpyxl.drawing.

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PythonでGaussianのlogからHOMOとLUMOのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

PythonでGaussianのlogからHOMOとLUMOのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

アプリケーション化する都合でnumpyとか使わずに書いてたり,色々複雑になってます。

#!/usr/bin/env python# coding: utf-8import osfrom os import chdirimport sysimport argparseimport openpyxlfrom openpyxl.styles import numbersimport openpyxl.

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ProgdynのLSF環境用の書き換えメモ

計算化学.comで紹介されているProgdynですが,SLURMジョブスケジューラーでの使用を前提に書かれているので,HPCシステムズなどから購入したクラスターマシンではLSFを使用していることも多いと思うので,LSF環境用の書き換えなど

1. githubからディレクトリごとダウンロードする。

git clone https://github.com/nwohlgemuth/ProgdynS

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gviewエラー回避

gviewエラー回避

MacOS Mojave以降でgviewの軌道を可視化する機能などが使えなくなるトラブルの回避策

1. アプリケーションからAutomatorを起動し,Automatorで新規ファイルを作成する
2. 書類の種類を尋ねられるのでアプリケーションを選択する

3. 検索窓で "実行" と検索し,シェルスクリプトを実行をダブルクリック

4. シェルで/bin/bashを選択し,以下のテキストを貼り

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