「本」は、最初は「ほん」ではなく「もと、はじめ」という意味で用いられていました。古代文字（金文）を見ると、木の幹の根元にそこを強調するかのように膨らんだ円い部分（肥点）があります。その膨らんだ部分が、800年ほど経つと、木の根元に横棒として書かれるようになります。それが、現代の「本」の字の基になりました。

このように「本」は木の字の幹の下側に肥点を打って、木の根元はここだと表す字として生まれました。そこから、物事の「もと」＝「根本（根元）」を意味する字として用いられるようになりました。

「本末転倒」とは何かというと、

「本」は「本山」
「末」は「末寺」を表します。

鎌倉時代に仏教の宗派の本山の寺院と末寺の立場が逆転してしまったことに由来する言葉なのです。末寺の方が檀家を増やして豊かになり、本山よりも力を持つようになったということがあったわけです。