ハトメガネ

バイオインフォマティクスを趣味にしたいヒト。 トランスポゾン、特にDNAトランスポゾン…

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バイオインフォマティクスを趣味にしたいヒト。 トランスポゾン、特にDNAトランスポゾンが好き。 生物関連のメモや学習の記録を残してます。 間違ってたら教えてください。

  • 高校理科（生物）のメモ

    画像や模式図をイメージできるかが大事だと思うので基本的に文字のみ。

  • バイオインフォメモ

    バイオインフォのメモです。 むしろ有益な情報を教えてほしいです。

  • 問いを考えてみた（生物基礎）

    考えるとは定義を知ること、そしてその由来を問うことだと思う。

  • 固定された記事

GeneMiner analysis results of gold fish transposon (harbinger?Mariner?hAT?piggyBac?pseudo?composite?new type?)

GeneMiner : a tool for extracting phylogenetic markers from next-generation sequencing data https://github.com/happywithxpl/GeneMiner FishTEDB https://www.fishtedb.org/project/index?n=fishtedb

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    • バイテクとか

      ★バイオテクノロジーの基本と科学史遺伝子操作や人工的に細胞を培養するなどして生物を利用する技術。 生命操作 (FOR BEGINNERSシリーズ イラスト版オリジナル 21) という本がわかりやすいのでおすすめです。 テクノロジーとは知識を実用化することである。 つまり、自然の原理や法則を応用することである。 これが世界を変えてきた。 イギリスで起きた産業革命では、物理学、化学が蒸気機関を生み出し、 小国を世界の中心にした。機械の力が世界を凌駕したのである。 従って、

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      • 変異と転写

        ●遺伝情報の変化突然変異により染色体やDNAの塩基配列に変化が生じること。 体細胞や生殖細胞系列のいずれでも起きる。 だが、子孫に伝わるのは後者の変異である。 ・ 染色体突然変異 倍数化、異数化、重複、欠失、逆位、転座が知られる。 遺伝子の破壊だけでなく、その数や発現量の変化が起こることもあり、 様々な影響が出る。 ・ 塩基配列の突然変異 挿入、欠失、置換がある。 遺伝子に１、２塩基の挿入や欠失が起こるとトリプレットの読み枠がずれ、 変異した部分以降のアミノ酸配列

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        • 生物基礎（問いを考えてみた④）

          ● 生態学とはなんだろうか。 ● なぜ生物は集団を形成するのだろうか。 （つがいや家族、群れ、個体群や群集、社会） ● 集団を分析するとき、すべての個体を詳細に調べることは可能だろうか。 　無理ならばどうやって集団を分析すれば良いのだろうか。 ● 生物集団にみられる規則性は、物理や化学の法則とは異なり、 　絶対的なものではない。これはなぜだろうか。 　なぜ生物では常に一定の結果や現象が起こらないのだろうか。 　また、その利点、意味は何だろうか。 ● 生態学に関連した仮説として

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        マガジン

        • 高校理科（生物）のメモ
          19本
        • バイオインフォメモ
          2本
        • 問いを考えてみた（生物基礎）
          4本

        記事

          生物基礎（問いを考えてみた③）

          ● 体液とは何だろうか。体内環境とは何だろうか。 ● 細胞を１つの生物と見るとその周りは１つの環境とみなせる。 　多細胞生物では多くの場合、細胞が体液に浸っている。 　体液は細胞にとっての環境といえるであろうか。 ● ヒトの場合、心臓の働きで体液が各臓器に送られる。 　そして再び心臓に戻る。体液が循環しているのはなぜだろうか。 　また、どうして心臓が止まると生物は死ぬのであろうか。 　肺の機能さえあれば酸素を血液には取り込めるのではないだろうか。 　肺で取り込まれた酸素は拡散

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          生物基礎（問いを考えてみた③）

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          遺伝子発現とか（高校理科生物）

          ★遺伝子発現の仕組み遺伝子の転写、翻訳が起こり、タンパク質が合成される事を発現という。 細胞にはその機能や構造に応じて必要な遺伝子のみが発現している。 遺伝子の発現もまた様々なタンパク質により調節されている。 ・ 真核生物の遺伝子発現 発現は三つの過程から成る。 ①転写、②スプライシング、③翻訳である ・遺伝情報の変換（発現の流れ） ① 転写 遺伝子（DNAの塩基配列）が ｍRNA の塩基配列として写される反応。 遺伝子の情報は傷がつかないように厳重に核内に保管さ

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          遺伝子発現とか（高校理科生物）

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          遺伝現象と関連する物質

          ★遺伝情報とその発現　遺伝子の本体はDNAである。 そして各遺伝子の情報はヌクレオチドの塩基配列として書き込まれている。 その為、遺伝子を利用する時にはこれを読み出し具現化する。 これを発現と呼ぶ。 多くの遺伝子は様々な機能を持つタンパク質の設計図であるため、発現に伴ってタンパク質の合成が起こる。 ・ 核酸 DNAとRNAの事。ヌクレオチドのポリマー。 それぞれ4種類のヌクレオチドから構成されている。 DNAは塩基間の相補性を利用して二重らせん構造をとり、RNAは一

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          遺伝現象と関連する物質

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          成長・発生・遺伝（高校理科生物）

          ☆成長・発生・遺伝生物はいつか死ぬ。 だから子孫を残す。だが生まれてすぐに生殖して増殖できるわけではない。 単細胞生物であっても分裂後には栄養分を蓄えある程度成長してから分裂を行い増殖する。多細胞生物ならば、受精卵という単細胞の状態から細胞分裂し、細胞を増やしながら成長して、そして生殖を行うようになっている。 しかも、後者の場合、生殖できるようになるまでの過程で、細胞の分化（特殊化・専門化）を経て、生殖可能な段階に達する。 生物学では、受精卵から成体までの成長過程を発生

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          成長・発生・遺伝（高校理科生物）

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          同化とか（高校理科生物）

          ★炭酸同化生物は生きるために食べなければならない。 肉食の場合は肉を、植食では植物を、植物や細菌の多くは無機物を食べる。 では、無機物を食べて生きるとはどういうことだろうか？ 多くの生物は食べ物から体の材料とエネルギーを得ているはずだ。 だが有機物でなく無機物を取り込んだ場合、体の材料にはできるだろうがそこからエネルギーを取ることは難しいはずである。 エネルギーはどうやって調達しているのだろうか。 当然、植物(コケ、シダ、緑色植物)や光合成細菌は太陽からエネルギー

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          同化とか（高校理科生物）

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          呼吸関連の実験など（高校理科生物）

          ●単離ミトコンドリアの呼吸速度の実験ミトコンドリアは基質を無駄に消費しないように調節機能を備えている。これを呼吸調節と呼ぶ。呼吸調節は各種の呼吸阻害剤を利用して、呼吸速度を測定することで観察でき、電子伝達系やＡＴＰ合成酵素が、膜間腔の水素イオン濃度を一定に保つように調節されていることが分かる。 単離ミトコンドリアに、呼吸基質と無機リン酸を十分に与え、さらにADPを加えると、O２濃度が減少する。これは電子伝達系、ＡＴＰ合成酵素が機能するためだと考えられる。しかし、ＡＴＰ合成酵

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          呼吸関連の実験など（高校理科生物）

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          ★代謝の基本と異化（高校理科生物）

          ★代謝の基本生物とは何か？ この答えの１つは次のようなものだ。 「生物とは化学物質である」 ならば、生命活動とは何か？ 当然、上記のように考えれば、この答えは化学反応になるはずだ。 体内で起こる化学反応（代謝）は生化学、分子生物学の基礎である。 だが、代謝は非常に複雑である。 なのでここでは問題を分割する（困難は分割せよ）。 つまり、代謝を大きく二つの反応に分ける。 異化（イメージは分解反応）と同化（イメージは合成反応）である。 さらにそれらの代表的な反応として

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          ★代謝の基本と異化（高校理科生物）

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          いろいろなタンパク質

          ★恒常性に関わるタンパク質恒常性（体液の状態維持）の破綻は病気、ひいては死につながります。 したがって、それを防ぐための機能や構造が体内には備わっています。 ・ ヘモグロビン 赤血球に含まれ酸素の供給を行う。 酸素解離曲線はＳ字型（シグモイド）曲線を描く。 これはアロステリック効果によるもの。すなわち、酸素がサブユニットに結合すると４次構造が変化し、機能が変化する。 ・ ミオグロビン　 筋細胞に含まれ、酸素の貯蔵を行う。 ヘモグロビンの１つのサブユニットに相当するよ

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          いろいろなタンパク質

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          生物基礎（問いを考えてみた②）

          ● 遺伝とは何だろうか。 ● なぜ遺伝が起きるのであろうか。遺伝を学ぶと何に役立つのであろうか。 ● 何が親から子に伝わるのであろうか。 ● ゲノムとは何であろうか。 　精子や卵、そして受精卵や体細胞はゲノムをいくつ持つのであろうか。 ● DNAを抽出するにはどうしたらよいのだろうか。 ● 遺伝を研究し、その法則性を発見したヒトは誰であろうか。 ● 遺伝の法則とはどんなものだろうか。遺伝子とは具体的に何だろうか。 ● DNAが遺伝する物質であることはどのように解明されたのであ

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          生物基礎（問いを考えてみた②）

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          酵素反応論とか

          ★酵素反応論酵素が触媒する化学反応を酵素反応と呼ぶ。 生命活動は化学の視点からみると代謝であり、これを制御しているのは酵素である。したがって酵素反応は極めて重要である。 ●酵素反応とその調節 化学反応としての酵素反応… 化学反応式のように酵素反応を表すことができる。 　　　　　 ①　 ② 　[Ｅ]＋[Ｓ] ⇆ [ＥS] ⇒ [Ｅ]＋[Ｐ] 各記号は次のモノを意味する。 [Ｅ] は enzyme ( 酵素 ) [Ｓ] は substrate (

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          酵素反応論とか

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          生物基礎（問いを考えてみた①）

          ★問い● 生物とは何だろうか。 ● 生物を学ぶと何の役に立つのだろうか。 ● どれぐらいの生物が存在しているか。 　どれぐらいのグループが存在しているのだろうか。 ● 脊椎動物とは何だろうか。すべての生物に脊椎は必要ないのだろうか。 ● 生物はなぜ分類できる（似ている）のだろうか。 ● 生物をどのように分類するのだろうか。 　何を比較して仲間を決めているのだろうか。 ● 進化とは何だろうか。 ● 系統とはなんだろうか。 ● 系統はどのように考えると分かる、推測できるのだろうか

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          生物基礎（問いを考えてみた①）

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          タンパク質

          ★タンパク質「 What I cannot create、 I do not understand。（本当に理解しているならば作れる。作れないならば、理解していない。）」。 これはノーベル賞受賞者（ファインマン）の言葉。 生物は未だに作れないので真に理解できていない。 しかし、生物を化学物質と見なせば話は違う。 大抵の物質は作ることができるからだ。 つまり、生物は物質、機械論的に理解可能と言える。 ということで、生物を化学物質や装置の観点から理解する。 基本となる視点

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