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Mendelian Randomization 勉強日記 12. 複数の遺伝子領域のバリアントを用いた頑健な手法
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 7. の勉強まとめ
＊バリアントと曝露、アウトカムの関係はhomogeneous (個人によって変わらない)であり、線形であると仮定する。
Consensus methodsMedian method
IVW法は重みづけした平
Mendelian Randomization 勉強日記 11. MRを実施するために
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 10.の勉強まとめ
MRのガイドライン (PMID: 32760811, free text available)も参照した
Motivation and scopeMRを実施する前に、研究者はMRを行う動機と目的を明確にしたほ
Mendelian Randomization 勉強日記 9. MRの統計的問題①～Weak instument bias～
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 8の勉強まとめ
＊Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
Weak instrument bias弱い操作変数とは
・暴露との関連が統計的に弱い操作変数
・操作変数が弱くても、操作変数の仮定を満たせ
Mendelian Randomization勉強日記 10. MRの統計的問題② allele score, sample overlap, winner's curse, selection bias, covariate adjustment, 遺伝的バリアントの選択
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 8の勉強まとめ
Allele score genetic risk score, gene score, genotype scoreとも呼ばれる。
複数の遺伝的バリアントを一つの変数にまとめたもの。重みづけを考えることもできる。
Mendelian Randomization 勉強日記 8. MRの結果の解釈～外的妥当性の問題～
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 6の勉強まとめ
「遺伝的バリアントの変化による暴露の変化は、提案された介入による暴露の変化とどの程度類似しているか？」(e.g. CRPを変化させる遺伝的バリアントと、抗IL-6抗体による介入はどの程度類似しているか？）
MRの
Mendelian Randomization勉強日記 7. summarized dataを用いた因果効果の推定①IVW法
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 4の勉強まとめ
Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
Y: アウトカム, Outcome
X: 要因 (暴露), Exposure
U: 交絡因子, Confounder (often unmeas
Mendelian Randomization勉強日記 6. 個人レベルのデータを用いた因果効果の推定
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 4の勉強まとめ
Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
Y: アウトカム, Outcome
X: 要因 (暴露), Exposure
U: 交絡因子, Confounder (often unmea
Mendelian Randomization勉強日記 5. 操作変数のまとめ
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 3の勉強まとめ
Mendelian Randomizationを”MR”と略します。
操作変数の妥当性に関する問題のまとめ・Mendelian Randomizationにおいて操作変数の妥当性は極めて重要
・操作変数の妥当性
Mendelian Randomization勉強日記 4. 因果推論の仮定
mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 3より
観察研究と因果関係ことわざ
“association is not causation”
疫学のコンテクストでは、因果は決定論的ではなく確率論的なのでさらにややこしい。例えば、タバコは肺がんのリスクを上げるが、喫煙すれ
Mendelian Randomization勉強日記 3. Mendelian randomizationとは その2
Mendelian randomization methods for causal inference chapter 2より
Mendelian randomizationとは要因のアウトカムに関連する効果について観察されたデータから推論するために、遺伝的変異を用いること
モチベーション
観察研究では交絡の問題がある
例）ワインを飲むと心血管疾患になりにくい →社会経済因子も影響
観察
Mendelian Randomization勉強日記 2. 遺伝学の用語
from Mendelian Randomization
Methods for causal inference using genetic variants
・アレル(対立因子)
SNPの多様体
major allele (wildtype allele)
minor allele (variant allele)
・染色体
人間は22の常染色体と1つの性染色体を有する
・コピー数変異
Mendelian Randomization勉強日記 1. Mendelian randomizationとは
from: mendelian randomization
methods for causal inference using genetic variants chapter 1.
例. CRPが高い方が、(因果的に)心血管疾患になりやすいか？
観察研究で、CRPが高い方が心血管疾患になりやすいことがわかっていた。しかし、年齢・性別その他交絡因子を調整すると関連は小さくなり、さらに、同じ